Деацетилазы гистонов

Деацетилазы гистонов (англ. Histone deacetylases, HDACs), (КФ 3.5.1) — ферменты, катализирующие удаление ацетильной группы ε-N-ацетил-лизина гистонов, внесенные ферментами гистонацетилазами (histone acetylases, HATs) в остатки K3 и K14 гистона Н3 и K5, K8, K12 и K16 гистона Н4, а также остатки некоторых лизинов гистонов Н2А и Н2B. Модифицируя гистоны и изменяя конформацию хроматина, гистондеацетилазы играют важную роль в регуляции экспрессии генов. В то время как гиперацетилирование гистонов под действием гистонацетилаз обычно связано с повышением транскрипционной активности, гистондеацетилазы вызывают гипоацетилирование и вследствие, репрессию генов. Гипоацетилирование приводит к уменьшению промежутка между нуклеосомой и намотанной на неё ДНК. Более плотная упаковка ДНК уменьшает её доступность для транскрипционных факторов, что приводит к транскрипционной репрессии. Обычно гистондеацетилазы действуют в составе крупных комплексов, вместе с другими белками подавляющими активность хроматина. Субстратами гистондеацетилаз могут быть не только гистоны, но и некоторые другие белки (p53, E2F, a-тубулин и MyoD).

Каталитический домен HDAC4, связанный с ингибитором (показан зелёным цветом).

Классификация

Семейство состоит из 18 белков, принадлежащих к 4-м классам. 11 представителей, принадлежащие к I (reduced potassium dependency 3 (RPD3)-подобные; HDAC1, HDAC2, HDAC3, HDAC8) , II (класс дрожжевой гистон деацетилазы 1, Hda1; не путать с HDACI!; HDAC4, HDAC5, HDAC6, HDAC7, HDAC9, HDAC10) и IV классам (HDAC11), названы «классическими» гистон деацетилазами, в то время как представители класса III названы сиртуинами. Представители I и II классов ингибируются трихостатином А (ТСА, TSA), в то время как представители других классов нечувствительны к нему.

У растений семейство гистондеацетилаз тоже включает 18 представителей, принадлежащих к 3 классам: I (RPD3-подобные), HD-туины (встречающиеся только у растений) и сиртуины.

КлассФерментКоличество каталитических участковКлеточная локализацияТканевое распределениеСубстрат(ы)Взаимодействующие белкиНокаутный фенотип
IHDAC11ЯдроУниверсальноеАндрогенный рецептор, SHP, p53, MyoD, E2F1, STAT3эмбриональная летальность, повышенное ацетилирование гистонов, повышение уровня p21 и p27
HDAC21ЯдроУниверсальноеГлюкокортикоидный рецептор, YY1, BCL6, STAT3аномалии сердца
HDAC31ЯдроУниверсальноеSHP, YY1, GATA1, RELA, STAT3, MEF2D
HDAC81ЯдроУниверсальное (?)EST1B
IIAHDAC41Ядро / цитоплазмасердце, скелетные мышцы, мозгGCMA, GATA1, HP1RFXANKНарушения дифференцировки хондроцитов
HDAC51Ядро / цитоплазмасердце, скелетные мышцы, мозгGCMA, SMAD7, HP1REA, Эстрогенный рецептораномалии сердца
HDAC71Ядро / цитоплазмасердце, скелетные мышцы, поджелудочная железа, плацентаPLAG1, PLAG2HIF1A, BCL6, эндотелиновые рецепторы, ACTN1, ACTN4, Андрогенный рецептор, Tip60Регулирование целостности сосудов, увеличение MMP10
HDAC91Ядро / цитоплазмаскелетные мышцы, мозгFOXP3аномалии сердца
IIBHDAC62В основном цитоплазмасердце, печень, почки, плацентаα-Тубулин, HSP90, SHP, SMAD7RUNX2
HDAC101В основном цитоплазмапечень, селезёнка, почки
IIIсиртуины млекопитающих (SIRT1, SIRT2, SIRT3, SIRT4, SIRT5, SIRT6, SIRT7)
Sir2 дрожжей S. cerevisiae
IVHDAC112Ядро / цитоплазмамозг, сердце, скелетные мышцы, почки

Все деацетилазы гистонов, кроме III класса, содержат цинк и, т. о., являются цинк-зависимыми.[1]

Механизм катализа

Последовательность из 390 остатков аминокислот образует каталитический домен классических HDAC, который включает также высококонсервативные аминокислоты. Активный сайт представляет собой слегка искривленный трубчатый карман с более широким дном. Ацетильная группа удаляется путём системы с переменой заряда, состоящей из двух соседних гистидинов, двух аспартатов (на расстоянии примерно 30 аминокислот от гистидинов, разделены приблизительно 6 аминокислотами), а также тирозина (123 аминокислот от аспартатов). Важный компонент системы перемены зарядов — Zn2+, связанный на дне кармана. Для катализа также важны другие кофакторы: большинство рекомбинантных гистондеацетилаз неактивно.

Сиртуины

Особенность сиртуинов (название взято от одного из представителей — silent information regulator 2 (Sir2)) — использование НАД+ как субстрата. Они не чувствительны к ингибированию ТСА, но чувствительны к сиртинолу. У дрожжей главным образом деацетилирует Н4К16, Н3К56 и Н3К9; в меньшей степени — Н3К14. Дрожжевой Sir2 участвует, прежде всего в сайленсинге теломерных последовательностей, рРНК, молчащего локуса типа спаривания, а также в подавлении рекомбинации рДНК. Sir2 также участвует в регуляции продолжительности жизни: он вовлечен в предотвращение образования внехромосомных колец рДНК, связанных со старением клетки. Sir2 у дрожжей, а также его гомологи у млекопитающих играют ключевую роль в эпигенетическом сайленсинге генов, в репарации и рекомбинации ДНК, клеточном цикле, организации микротрубочек и регуляции старения.

Ингибиторы гистондеацетилаз (HDACi)

На настоящий момент существует ряд ингибиторов гистондеацетилаз, начиная со сложных соединений выделенных из бактерий и грибов (ТСА, тапоксин), и кончая относительно простыми соединениями (бутират). Большинство HDACi имеют трехкомпонентную структуру, состоящую из цинк-связывающего участка, линкера и последовательностью, взаимодействующей с аминокислотными остатками у входа в активный центр HDAC. Ингибиторы классических деацетилаз функционируют путём вытеснения иона цинка из активного центра и таким образом инактивируя систему смены зарядов. ТСА обладает оптимальной конформацией для попадания в активный центр, имея гидроксаматную группу и пятиуглеродный линкер перед фенильной группой. ТСА вызывает наисильнейший обратимый эффект из известных HDACi (его IC50% находится в наномолярной области). HDACi вызывают гиперацетилирование, активацию транскрипции, и по некоторым данным, активное деметилирование ДНК. Поскольку HDACi замедляют рост и приводят к дифференцировке и апоптозу раковых клеток, ведутся активные разработки по их применению для терапии рака (вориностат, ромидепсин, белиностат).

HDACi индуцируют апоптоз, арест клеточного цикла, старение, дифференцировку, иммуногенность клеток и ингибируют ангиогенез при некоторых видах рака (West et al., 2014). Наиболее успешными примерами использования HDACi являются вориностат и ромидепсин у пациентов с рефракторной кожной и периферической Т-клеточной лимфомой. (Whittaker et al., 2010). В соответствии с химической структурой можно выделить 4 класса HDACi – гидроксаматы, циклические пептиды, алифатические кислоты и бензамиды. Большая часть сведений об этих молекулах основана на онкологических исследованиях. К пан-HDACi (неспецифическим HDACi) в основном относятся гидроксаматы.

Гидроксаматы представлены трихостатином А (TSA), который ингибирует рост клеток при раке легкого и груди (Yoshida et al., 1995) и является пан-клеточным ингибитором HDAC. TSA не вошел в клиническую практику по причине нежелательных явлений – апоптоз нормальных клеток и повреждение ДНК (Rodriguez-Paredes et al., 2011). Суберанилогидроксаминовая кислота (SAHA) (вориностат) также является гидроксаматом, это первый HDACi, одобренный FDA для клинического применения (Grozinger et al., 2002). Его действие приводит к активации антипролиферативных генов p21WAF1, p27 KIP1, DR5 и TNFα, и снижению активности положительных регуляторов роста: CDK2, CDK4, cyclin D1 и cyclin D2. В настоящее время исследуется множество молекул из класса гидроксаматов: e CBHA, LAQ-824, PXD-101, LBH-589, ITF2357, оксамфлатин, ABHA, SBHA, Scriptaid, пироксамид, SK-7041, SK-7068 и тубацин (Falkenberg et al., 2014).

В последнее время ставится под сомнения активность пан-HDACi в отношении HDAC класса IIa, но в результате более подробных исследований открываются «истинные» пан-HDACi, например пандакостат (Bradner et al., 2010). Дальнейшие перспективы пан-HDACi осложняются тем, что они малоэффективны в отношении солидных опухолей, но причины этого остаются неизвестными. В настоящее время значительное внимание уделяется разработке HDACi, селективных к определенным изоформам HDAC. Тем не менее, поиски новых пан-HDACi продолжаются. Свидетельством тому являются и действия фармкомпаний: так, в сентябре 2014 года компании Servier и Pharmacyclists заключили соглашение о совместной разработке абексиностата и других соединений. Появляются пан-HDACi «нового поколения», такие, как гивиностат (Tashima et al., 2014, Zappasodi et al., 2014, Li X et al., 2015, Mahal K et al., 2015), продолжаются и клинические испытания «старых» HDACi, таких, как панабиностат в составе моно- и комбинированной терапии, в том числе и солидных опухолей (Li X et al., 2015).

См. также

Примечания

  1. Marks P. A., Xu W. S. Histone Deacetylase Inhibitors: Potential in Cancer Therapy (англ.) // J. Cell. Biochem. : journal. — 2009. — July (vol. 107, no. 4). P. 600—608. doi:10.1002/jcb.22185. PMID 19459166.

Литература

1. de Ruijter AJ, van Gennip AH, Caron HN, Kemp S, van Kuilenburg AB (March 2003). «Histone deacetylases (HDACs): characterization of the classical HDAC family». Biochem. J. 370 (Pt 3): 737-49. doi:10.1042/BJ20021321. PMID 12429021. 2. Hollender C and Zhongchi Liu Z (July 2008). «Histone Deacetylase Genes in Arabidopsis Development» Journal of Integrative Plant Biology Volume 50, Issue 7, Pages 875—885 PMID 18713398

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.