Алгоритм Смита — Ватермана

Алгоритм Смита — Ватермана предназначен для получения локального выравнивания последовательностей, то есть для выявления сходных участков двух нуклеотидных или белковых последовательностей. В отличие от алгоритма Нидлмана — Вунша, который осуществляет выравнивание последовательностей по всей длине, алгоритм Смита — Ватермана сравнивает отрезки всех возможных длин и оптимизирует меру сходства по всем отрезкам и всем выравниваниям этих отрезков.

Алгоритм был предложен Т. Ф. Смитом и М. Ватерманом в 1981[1]. Подобно алгоритму Нидлмана — Вунша, алгоритм Смита — Ватермана использует принцип динамического программирования. Он гарантирует нахождение оптимального, относительно используемой им меры оценки качества, локального выравнивания. Эта мера оценки — так называемый вес, или счёт (Score) выравнивания, предусматривающий использование матрицы замен и штрафов за «гэпы» (то есть вставки и делеции).

Примечания

  1. Smith, Temple F.; and Waterman, Michael S. Identification of Common Molecular Subsequences (англ.) // Journal of Molecular Biology : journal. — 1981. Vol. 147. P. 195—197. doi:10.1016/0022-2836(81)90087-5. PMID 7265238. Архивировано 26 мая 2011 года.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.