SIMAP@home

SIMAP — расшифровывается как «Similarity Matrix of Proteins», представляет собой базу данных о сходстве белков, созданную с помощью добровольных вычислений, которая свободно доступна для научных целей. SIMAP использует алгоритм FASTA для предвычисления сходства белков, пока другое приложение использует скрытую Марковскую модель для поиска доменов белка.

SIMAP
Тип Распределённые вычисления
Операционная система Кроссплатформенное ПО
Первый выпуск 26 апреля 2006
Аппаратная платформа x86
Последняя версия • simap (Windows): 5.10
• simap (Windows x64): 5.12
• simap (Linux): 5.11
• hmmer (Windows): 5.09
• hmmer (Linux): 5.09
Состояние Завершен
Сайт boincsimap.org/boincsimap/

SIMAP является совместным проектом Мюнхенского технического университета и Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге.

В четвертом квартале 2010 года, проект переехал в Венский университет.

C 2011 года, данные SIMAP используются в базе данных белок-белковых взаимодействий STRING (с версии 9.0), вместо данных BLAST, выполненных для предыдущих версий STRING[1][2].

Проект обычно выдает задания в начале каждого месяца.

Проект SIMAP закрыт в 2014 году. Разработчиками анонсирован SIMAP 2.

SIMAP 2

В проекте рассчитывается сходство посредством алгоритма Смита — Ватермана[3].


Примечания
  1. STRING — Known and Predicted Protein-Protein Interactions
  2. Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored.
  3. Sequence alignment calculation in SIMAP 2.0. Архивировано 11 января 2015 года.

Литература

Ссылки
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.