Docking@Home
Docking@Home — проект добровольных вычислений, работающий на платформе BOINC. Проект организован университетом Делавэра. Основной задачей проекта является моделирование взаимодействия потенциальных лекарственных средств с белками (докинг).[1] 7 апреля руководство Docking@Home объявило о закрытии проекта, состоявшегося 23 мая 2014 года.[2]
| Docking@Home | |
|---|---|
 | |
 Графика из программы-клиента | |
| Тип | Распределённые вычисления |
| Операционная система | Кроссплатформенное ПО |
| Аппаратная платформа | x86 |
| Последняя версия | • Charmm 34a2: 6.23 |
| Состояние | Закрытие 23.05.2014 |
| Сайт | docking.cis.udel.edu |
| Docking@Home | |
|---|---|
| Платформа | BOINC |
| Объём загружаемого ПО | 7.7 МБ |
| Объём загружаемых данных задания | 1.2 МБ |
| Объём отправляемых данных задания | 75—100 КБ |
| Объём места на диске | 11 МБ |
| Используемый объём памяти | 169 МБ |
| Графический интерфейс | есть |
| Среднее время расчёта задания | 5.5 часов |
| Deadline | 14 дней |
| Возможность использования GPU | нет |
Докинг
Молекулярный докинг представляет собой поиск лиганд-белковых комплексов, имеющих минимальную свободную энергию, то есть таких, компоненты которых оптимальным образом «подходят» друг к другу. Поиск таких комплексов — задача, которая хорошо распараллеливается, и поэтому подходит для распредёленных вычислений.[3] В проекте Docking@Home моделирование связывания лиганда с сайтом связывания белка проводится при помощи программного модуля CHARMM. Процесс состоит из нескольких независимых попыток с различной пространственной ориентацией и конформацией лиганда.[1]
Примечания
- http://ieeexplore.ieee.org/xpl/freeabs_all.jsp?arnumber=4228396 pdf
- Новость о закрытии проекта Архивировано 17 октября 2014 года.
- Stephen Childs; Luc Bouge; Martti Forsell; Träff, Jesper; Achim Streit; Ziegler, Wolfgang; Alexander, Michael Van Cleave. Euro-Par 2007 Workshops: Parallel Processing: HPPC 2007, UNICORE Summit 2007, and VHPC 2007, Rennes, France, August 28-31, 2007, Revised Selected Papers (Lecture Notes in Computer Science) (англ.). — Berlin: Springer, 2008. — P. 85. — ISBN 3-540-78472-1.