Docking@Home

Docking@Home — проект добровольных вычислений, работающий на платформе BOINC. Проект организован университетом Делавэра. Основной задачей проекта является моделирование взаимодействия потенциальных лекарственных средств с белками (докинг).[1] 7 апреля руководство Docking@Home объявило о закрытии проекта, состоявшегося 23 мая 2014 года.[2]

Docking@Home

Графика из программы-клиента
Тип Распределённые вычисления
Операционная система Кроссплатформенное ПО
Аппаратная платформа x86
Последняя версия • Charmm 34a2: 6.23
Состояние Закрытие 23.05.2014
Сайт docking.cis.udel.edu
Docking@Home
Платформа BOINC
Объём загружаемого ПО 7.7 МБ
Объём загружаемых данных задания 1.2 МБ
Объём отправляемых данных задания 75—100 КБ
Объём места на диске 11 МБ
Используемый объём памяти 169 МБ
Графический интерфейс есть
Среднее время расчёта задания 5.5 часов
Deadline 14 дней
Возможность использования GPU нет

Докинг

Молекулярный докинг представляет собой поиск лиганд-белковых комплексов, имеющих минимальную свободную энергию, то есть таких, компоненты которых оптимальным образом «подходят» друг к другу. Поиск таких комплексов — задача, которая хорошо распараллеливается, и поэтому подходит для распредёленных вычислений.[3] В проекте Docking@Home моделирование связывания лиганда с сайтом связывания белка проводится при помощи программного модуля CHARMM. Процесс состоит из нескольких независимых попыток с различной пространственной ориентацией и конформацией лиганда.[1]

Примечания

  1. http://ieeexplore.ieee.org/xpl/freeabs_all.jsp?arnumber=4228396 pdf
  2. Новость о закрытии проекта Архивировано 17 октября 2014 года.
  3. Stephen Childs; Luc Bouge; Martti Forsell; Träff, Jesper; Achim Streit; Ziegler, Wolfgang; Alexander, Michael Van Cleave. Euro-Par 2007 Workshops: Parallel Processing: HPPC 2007, UNICORE Summit 2007, and VHPC 2007, Rennes, France, August 28-31, 2007, Revised Selected Papers (Lecture Notes in Computer Science) (англ.). — Berlin: Springer, 2008. — P. 85. — ISBN 3-540-78472-1.

См. также

Ссылки

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.