Орнитинтранскарбамилаза

Орнитинтранскарбамилаза (OTC) (также называемая орнитинкарбамоилтрансферазой) представляет собой фермент (Шифр КФ 2.1.3.3), который катализирует реакцию между карбамоилфосфатом (CP) и орнитином (Orn) с образованием цитруллина (Cit) и фосфата (Pi). Существует два класса OTC. Эта статья посвящена анаболическим OTC. Анаболические OTC обеспечивают шестой этап биосинтеза аминокислоты аргинина у прокариот[1]. Также OTC млекопитающих играют важную роль в цикле мочевины, целью которого является улавливание токсичного аммиака и превращение его в мочевину, менее токсичный источник азота, для выведения.

Механизм реакции

Механизм реакции:. Аминогруппа боковой цепи орнитина нуклеофильно атакует карбонильный углерод карбамоилфосфата, (слева), с образованием тетраэдрического переходного состояния (середина) . Перегруппировка зарядов освобождает цитруллин и фосфат, (справа)[2].

Структура

Тример ОТС

OTC — это тримерный белок. Есть три активных центра белка, которые расположены в пространстве между мономерами. Связывающий домен карбамоилфосфата находится на N-конце каждого мономера, в то время как C-конец содержит связывающий домен для орнитина. Оба связывающих домена имеют схожую структуру с центральным параллельным β-складчатым листом, ограниченным α-спиралями и петлями[3]. Помимо связывающих доменов, у OTC есть петли SMG. Они закрываются, закрывая сайт связывания, как только оба субстрата связываются. SMG означает консервативный аминокислотный мотив Ser-Met-Gly. После закрытия эти остатки взаимодействуют с L-орнитином. Связывание CP вызывает глобальные конформационные изменения, в то время как связывание L-орнитина только вызывает движение петли SMG для закрытия и изоляции сайта активации[4].

Активный сайт

Связующие остатки в человеческом мономере OTC. Остатки орнитина (OT) окрашены в пурпурный цвет, остатки связывания карбамоилфосфата (CP) окрашены в темно-синий цвет, а другие остатки, входящие в петлю SMG, окрашены в голубой цвет[5].
Карбамоилфосфат, расположенный в сайте связывания OTC[5].

Мотив Ser-Thr-Arg-Thr-Arg из одной субъединицы и His из соседней субъединицы взаимодействуют с фосфатной группой CP для связывания. Первичный азот CP связывается через остатки Gln, Cys и Arg. Карбонильный кислород CP связан остатками Thr, Arg и His[6].

Аминокислотный состав

OTC растений имеют наибольшее отличие от других ОТС. У них на 50-70 % меньше остатков Leu, в то время как остатков Arg в два раза больше. Количество аминокислот в ОТС варьируется от 322 до 340 остатков. Животные имеют самую высокую плотность Leu, которые обеспечивают pI для животного фермента 6,8, в то время как у растительного фермента pI составляет 7,6[7]. ОТС крыс, крупного рогатого скота и человека содержат один и тот же C-концевой остаток фенилаланина. С другой стороны, их N-концевые остатки различаются. У крыс в конце Ser, у быка — Asp, у человека — Gly[8][9].

Геномика

Ген ОТС человека расположен на коротком плече хромосомы X (Xp21.1). Ген расположен в (плюсовой) цепи Ватсона и имеет длину 73 т.п.н. Открытая рамка считывания из 1062 нуклеотидов распределяется между 10 экзонами и девятью интронами. Кодируемый белок имеет длину 354 аминокислоты с прогнозируемой молекулярной массой 39,935 кДа. Посттранскрипционная модификация оставляет зрелый пептид с 322 аминокислотами и массой 36,1 кДа[10]. Белок находится в митохондриальном матриксе. У млекопитающих ОТС экспрессируется в печени и слизистой оболочке тонкого кишечника.

Человеческие мутации

Известно о 341 мутации в человеческих безрецептурных препаратах. 149 из этих мутаций вызывают гипераммониемию в течение первых недель жизни. 70 проявляется гипераммониемией у пациентов мужского пола в более позднем возрасте. Большинство мутаций происходит в известных функциональных мотивах, таких как петля SMG или домены связывания CP[11].

Дефицит

Мутации в гене OTC могут вызывать дефицит орнитинтранскарбамилазы. Это заболевание классифицируется как нарушение цикла мочевины из-за того, что без обеспечения функции OTC аммиак начинает накапливаться в крови. Накопление аммиака в крови называется гипераммониемией. Поскольку аммиак, хотя и токсичен, но является источником азота для организма, его повышенный уровень вызывает повышение уровня аминокислот, глутамата и аланина. Уровни карбамоилфосфата (CP) начнут падать по мере снижения уровня азота мочевины в крови. Это приведет к тому, что CP переключится на путь синтеза уридинмонофосфата. Оротовая кислота является продуктом этого пути. Повышенный уровень оротовой кислоты в моче может быть индикатором того, что пациент страдает заболеванием, связанным с гипераммониемией.

Дефицит OTC проявляется как в ранней форме, так и в поздней форме.

Ранний дефицит

Ранний дефицит наблюдается у новорожденных. Симптомы нарушения цикла мочевины часто не проявляются до тех пор, пока ребёнок не окажется дома, и не могут быть своевременно обнаружены семьей и лечащим врачом . Симптомы у маленьких детей с гипераммониемией неспецифичны: нежелание есть, проблемы с дыханием, температурой тела, судороги, необычные движения тела (подергивания) и сонливость.[12] По мере накопления аммиака симптомы прогрессируют от сонливости до летаргии, потенциально заканчивающейся комой . Аномальная поза (неконтролируемое движение) и энцефалопатия (повреждение головного мозга) часто связаны со степенью отека центральной нервной системы и давления на ствол мозга. Приблизительно у 50 % новорожденных с тяжелой гипераммониемией возникают судороги.

Поздний дефицит

При более легкой (или частичной) недостаточности ферментов цикла мочевины накопление аммиака может быть вызвано болезнью или стрессом практически в любое время жизни, что приводит к многократному умеренному повышению концентрации аммиака в плазме [Bourrier et al. 1988]. У пациентов с частичным дефицитом ферментов симптомы могут проявляться с задержкой на месяцы или годы. Признаки того, что вы, возможно, страдаете от безрецептурного дефицита или нарушения цикла мочевины, включают «эпизоды бреда, беспорядочное поведение или подавленное сознание, головные боли, рвоту, отвращение к продуктам с высоким содержанием белка и судороги.»[13]

Лечение

Потенциальным средством лечения высокого уровня аммиака является введение бензоата натрия, который соединяется с глицином с образованием гиппурата с одновременным удалением группы аммония. Биотин также играет важную роль в функционировании OTC[14] и в экспериментах на животных было показано, что он снижает интоксикацию аммиаком. Кроме того, было предложено и изучено использование терапевтической гипотермии всего тела в качестве лечения. Считается, что она увеличивает эффективность диализа для извлечения аммиака из организма[15].

Примечания

  1. “Biosynthesis and metabolism of arginine in bacteria”. Microbiological Reviews. 50 (3): 314—52. September 1986. PMID 3534538.
  2. “Mechanism of inactivation of ornithine transcarbamoylase by Ndelta -(N'-Sulfodiaminophosphinyl)-L-ornithine, a true transition state analogue? Crystal structure and implications for catalytic mechanism”. The Journal of Biological Chemistry. 275 (26): 20012—9. June 2000. DOI:10.1074/jbc.M000585200. PMID 10747936.
  3. “The crystal structures of ornithine carbamoyltransferase from Mycobacterium tuberculosis and its ternary complex with carbamoyl phosphate and L-norvaline reveal the enzyme's catalytic mechanism”. Journal of Molecular Biology. 375 (4): 1052—63. January 2008. DOI:10.1016/j.jmb.2007.11.025. PMID 18062991.
  4. “Substrate-induced conformational change in a trimeric ornithine transcarbamoylase”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 94 (18): 9550—5. September 1997. DOI:10.1073/pnas.94.18.9550. PMID 9275160.
  5. PDB 1C9Y; “Crystal structure of human ornithine transcarbamylase complexed with carbamoyl phosphate and L-norvaline at 1.9 A resolution”. Proteins. 39 (4): 271—7. June 2000. DOI:10.1002/(SICI)1097-0134(20000601)39:4<271::AID-PROT10>3.0.CO;2-E. PMID 10813810.
  6. “Human ornithine transcarbamylase: crystallographic insights into substrate recognition and conformational changes”. The Biochemical Journal. 354 (Pt 3): 501—9. March 2001. DOI:10.1042/bj3540501. PMID 11237854.
  7. “Purification and characterization of ornithine transcarbamylase from pea (Pisum sativum L.)”. Plant Physiology. 96 (1): 262—8. 1991-05-01. DOI:10.1104/pp.96.1.262. PMID 11538003.
  8. “Isolation and characterization of ornithine transcarbamylase from normal human liver”. The Journal of Biological Chemistry. 253 (11): 3939—44. June 1978. PMID 25896.
  9. “Ornithine transcarbamylase of rat liver. Kinetic, physical, and chemical properties”. The Journal of Biological Chemistry. 254 (20): 10030—6. October 1979. PMID 489581.
  10. “Targeting of pre-ornithine transcarbamylase to mitochondria: definition of critical regions and residues in the leader peptide”. Cell. 44 (3): 451—9. February 1986. DOI:10.1016/0092-8674(86)90466-6. PMID 3943133.
  11. “Mutations and polymorphisms in the human ornithine transcarbamylase (OTC) gene”. Human Mutation. 27 (7): 626—32. July 2006. DOI:10.1002/humu.20339. PMID 16786505.
  12. Ornithine transcarbamylase deficiency. Genetics Home Reference. National Library of Medicine, U.S. Department of Health & Human Services. Дата обращения: 3 марта 2019.
  13. Ornithine transcarbamylase deficiency. Genetic and Rare Diseases Information Center (GARD) – an NCATS Program. National Institutes of Health, U.S. Department of Health & Human Services. Дата обращения: 3 марта 2019.
  14. “Effect of biotin on ammonia intoxication in rats and mice”. Journal of Gastroenterology. 30 (3): 351—5. June 1995. DOI:10.1007/bf02347511. PMID 7647902.
  15. “Feasibility of adjunct therapeutic hypothermia treatment for hyperammonemia and encephalopathy due to urea cycle disorders and organic acidemias”. Molecular Genetics and Metabolism. 109 (4): 354—9. August 2013. DOI:10.1016/j.ymgme.2013.05.014. PMID 23791307.

Дальнейшее чтение

Ссылки

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.