Verrucomicrobia

Verrucomicrobia (лат., от лат. verruca — бугорок) — тип бактерий, к которому относятся в основном некультивируемые формы. Как указывают метагеномные данные, в природе они распространены исключительно широко. Они составляют от 1 до 10 % почвенной микробиоты и потому имеют важное экологическое значение[2].

Verrucomicrobia
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Verrucomicrobia
Международное научное название
Verrucomicrobia Hedlund 1997[1]

Систематика
в Викивидах
Изображения
на Викискладе
ITIS  956126
NCBI  74201
EOL  289

Описание

Представители Verrucomicrobia — грамотрицательные бактерии, у многих из которых на поверхности имеются простеки (бугорки), за что тип и получил своё название. Клетки — палочковидные, овоидные, одиночные или в парах, веретеновидные. У Prosthecobacter на одном из конце клетки имеется уникальное бульбовидное утолщение. По типу питания Verrucomicrobia — хемоорганогетеротрофы и сбраживают разнообразные сахара[3]. Некоторые представители способны окислять метан при экстремально низких значениях рН[4][5].

Среди Verrucomicrobia есть анаэробы, факультативные анаэробы и аэробы; лучше всего представители филы растут при температуре 25 °C и pH от 4 до 7. Помимо почв, встречаются в пресноводных водоёмах, пелагиали и желудочно-кишечном тракте человека[3].

Систематика

По данным филогенетического анализа, ближайшими родственниками Verrumicrobia являются представители типа Chlamydiae[6]. В 2008 году был секвенирован и опубликован геном одного из представителей типа, Methylacidiphilum infernorum. Его анализ указал на возможное родство Verrumicrobia и протеобактерий[7].

Филогения

Ниже представлено филогенетическое дерево Verrumicrobia, построенное по последовательностям 16S рРНК в рамках проекта The All-Species Living Tree.

Классификация

На декабрь 2017 года в тип включают следующие таксоны до рода включительно[8]:

  • Класс "Spartobacteria"
  • Класс Opitutae Choo et al. 2007
    • Порядок Opitutales Choo et al. 2007
      • Семейство Opitutaceae Choo et al. 2007
        • Роды Alterococcus, Opitutus
    • Порядок Puniceicoccales Choo et al. 2007
      • Семейство Puniceicoccaceae Choo et al. 2007
        • Роды Cerasicoccus, Coraliomargarita, Pelagicoccus, Puniceicoccus
  • Класс Verrucomicrobiae Hedlund et al. 1998 emend. Yoon et al. 2008
    • Порядок Verrucomicrobiales Ward-Rainey et al. 1996 emend. Yoon et al. 2008
      • Семейство Akkermansiaceae Hedlund and Derrien 2012
        • Род Akkermansia
      • Семейство Rubritaleaceae Hedlund 2012
        • Род Rubritalea
      • Семейство Verrucomicrobiaceae Ward-Rainey et al. 1996 emend. Takeda et al. 2008
        • Роды Brevifollis, Haloferula, Luteolibacter, Persicirhabdus, Prosthecobacter, Roseibacillus, Roseimicrobium, Verrucomicrobium
      • Роды incertae sedis
        • Род Limisphaera

Примечания
  1. Hedlund B. P., Gosink J. J., Staley J. T. Verrucomicrobia div. nov., a new division of the bacteria containing three new species of Prosthecobacter. (англ.) // Antonie Van Leeuwenhoek. — 1997. — July (vol. 72, no. 1). — P. 29—38. — PMID 9296261.
  2. Пиневич, 2006, с. 127—128.
  3. Пиневич, 2006, с. 128.
  4. Pol Arjan, Heijmans Klaas, Harhangi Harry R., Tedesco Dario, Jetten Mike S. M., Op Den Camp Huub J. M. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. — 2007. — Vol. 450. — P. 874—878. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature06222.
  5. Dunfield P. F., Yuryev A., Senin P., Smirnova A. V., Stott M. B., Hou S., Ly B., Saw J. H., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Mountain B. W., Crowe M. A., Weatherby T. M., Bodelier P. L., Liesack W., Feng L., Wang L., Alam M. Methane oxidation by an extremely acidophilic bacterium of the phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Nature. — 2007. — Vol. 450, no. 7171. — P. 879—882. — doi:10.1038/nature06411. — PMID 18004300.
  6. Griffiths E., Gupta R. S. Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae. (англ.) // Microbiology (Reading, England). — 2007. — August (vol. 153, no. Pt 8). — P. 2648—2654. — doi:10.1099/mic.0.2007/009118-0. — PMID 17660429.
  7. Hou S., Makarova K. S., Saw J. H., Senin P., Ly B. V., Zhou Z., Ren Y., Wang J., Galperin M. Y., Omelchenko M. V., Wolf Y. I., Yutin N., Koonin E. V., Stott M. B., Mountain B. W., Crowe M. A., Smirnova A. V., Dunfield P. F., Feng L., Wang L., Alam M. Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia. (англ.) // Biology Direct. — 2008. — 1 July (vol. 3). — P. 26—26. — doi:10.1186/1745-6150-3-26. — PMID 18593465.
  8. Classification of domains and phyla - Hierarchical classification of prokaryotes (bacteria) : Version 2.0 : [англ.] // LPSN. — 2016. — 2 October.

Литература
  • Пиневич А. В. Микробиология. Биология прокариотов: в 3 т. — СПб.: Издательство С.-Петербургского университета, 2006. — ISBN 5-288-04056-7.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.