Список пресмыкающихся Эстонии

• Семейство Американские пресноводные черепахи (Emydidae)[1] (см. Пресноводные черепахи)
  • Род Болотные черепахи (Emys)[2]
    • Вид Болотная черепаха (Emys orbicularis) — возможно обнаружение, так как вид известен из Литвы и Ленинградской области.[3]

• 
  Болотная черепаха

• Семейство Веретенициевые (Anguidae)
  • Род Веретеницы (Anguis)
    • Вид Веретеница ломкая или Медяница (Anguis fragilis)[3]
• Семейство Настоящие ящерицы (Lacertidae)
  • Род Зелёные ящерицы (Lacerta)
    • Вид Прыткая ящерица (Lacerta agilis);
  • Род Лесные ящерицы[2]
    • Вид Живородящая ящерица (Zootoca vivipara)

• 
  Веретеница ломкая
• 
  Прыткая ящерица
• 
  Ящерица живородящая

Несмотря на отсутствие официального подтверждения обнаружения в Эстонии обыкновенной медянки (Coronella austriaca) (Семейство Ужеобразные) не исключено наличие локальных популяций или интродукций.

• Семейство Ужеобразные (Colubridae)
  • Род Настоящие ужи (Natrix)
    • Вид Обыкновенный уж (Natrix natrix);
• Семейство Гадюковые змеи, или гадюки (Viperidae)
  • Род Гадюки, или настоящие гадюки (Vipera)
    • Вид Обыкновенная гадюка (Vipera (Pelias) berus);

• 
  Обыкновенная медянка
• 
  Обыкновенный уж
• 
  Обыкновенная гадюка

• Ананьева Н. Б., Орлов Н. Л., Халиков Р. Г., Даревский И. С., Рябов С. А., Барабанов А. В. Атлас пресмыкающихся Северной Евразии (таксономическое разнообразие, географическое распространение и природоохранный статус). — СПб.: Зоологический институт РАН, 2004. — 232 с. — 1000 экз. — ISBN 5-98092-007-2.
• Мильто К. Д. 2003. О распространении обыкновенного ужа (Natrix natrix) на севере европейской части России // Современная герпетология. — Т. 2. — С. 100—123.
• Milto K. D., Zinenko O. I. 2005. Distribution and morphological variability of Vipera berus in Eastern Europe. In: Herpetologia Petropolitana. Proceedings of the 12h Ordinary General Meeting of the Societas Europaea Herpetologica, 12-16 August 2003, St-Petersburg, Russia. St.-Petersburg. — P. 64-73.