SNRNP200

Хеликаза малого ядерного рибонуклеопротеина 200 кДа (U5)  — фермент, который в организме человека кодируется геном SNRNP200[1][2][3][4][5].

Малый ядерный рибонуклеопротеин 200kDa (U5)

PDB rendering based on 2q0z.
Доступные структуры
PDB Поиск ортологов: PDBe, RCSB
Идентификаторы
СимволSNRNP200 ; ASCC3L1; BRR2; HELIC2; RP33; U5-200KD
Внешние IDOMIM: 601664 MGI: 2444401 HomoloGene: 5859 GeneCards: SNRNP200 Gene
номер EC3.6.4.13
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez23020320632
EnsemblENSG00000144028ENSMUSG00000003660
UniProtO75643Q6P4T2
RefSeq (мРНК)NM_014014NM_177214
RefSeq (белок)NP_054733NP_796188
Локус (UCSC)Chr 2:
96.94 – 96.97 Mb		Chr 2:
127.21 – 127.24 Mb
Поиск в PubMed

Сплайсинг пре-мРНК катализируется сплайсосомой, комплексом специализированных РНК и белковых субъединиц, который удаляет интроны из сегмента пре-мРНК. Сплайсосома состоит из малых ядерных белков РНК (мяРНП) U1, U2, U4, U5 и U6, вместе с примерно 80-ю консервативными белками. snRNP U5 содержит девять специфических белков. Этот ген кодирует один из snRNP-специфических белков U5, который, предположительно, принадлежит к DEXH-боксу семейства РНК хеликаз. Это основной компонент U4/U6-U5 мяРНП и, предположительно, катализирует АТФ-зависимое раскручивание U4/U6 РНК. Мутации в этомм гене вызывают аутосомно-доминантный пигментный ретинит типа 33. Альтернативные варианты транскриптов сплайсинга, кодирующих различные изоформы были найдены, но в полный мере природа этих вариантов осталась неопределённой[5].

Примечания
  1. Nagase T., Ishikawa K., Suyama M., Kikuno R., Miyajima N., Tanaka A., Kotani H., Nomura N., Ohara O. Prediction of the coding sequences of unidentified human genes. XI. The complete sequences of 100 new cDNA clones from brain which code for large proteins in vitro (англ.) // DNA Res : journal. — 1999. — April (vol. 5, no. 5). — P. 277—286. — doi:10.1093/dnares/5.5.277. — PMID 9872452.
  2. Lauber J., Fabrizio P., Teigelkamp S., Lane W.S., Hartmann E., Luhrmann R. The HeLa 200 kDa U5 snRNP-specific protein and its homologue in Saccharomyces cerevisiae are members of the DEXH-box protein family of putative RNA helicases (англ.) // EMBO J : journal. — 1996. — October (vol. 15, no. 15). — P. 4001—4015. — PMID 8670905.
  3. Achsel T., Ahrens K., Brahms H., Teigelkamp S., Luhrmann R. The Human U5-220kD Protein (hPrp8) Forms a Stable RNA-Free Complex with Several U5-Specific Proteins, Including an RNA Unwindase, a Homologue of Ribosomal Elongation Factor EF-2, and a Novel WD-40 Protein (англ.) // Mol Cell Biol : journal. — 1998. — November (vol. 18, no. 11). — P. 6756—6766. — PMID 9774689.
  4. Laggerbauer B., Achsel T., Luhrmann R. The human U5-200kD DEXH-box protein unwinds U4/U6 RNA duplices in vitro (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1998. — May (vol. 95, no. 8). — P. 4188—4192. — doi:10.1073/pnas.95.8.4188. — PMID 9539711.
  5. Entrez Gene: ASCC3L1 activating signal cointegrator 1 complex subunit 3-like 1.

Литература
  • Nakajima D., Okazaki N., Yamakawa H., et al. Construction of expression-ready cDNA clones for KIAA genes: manual curation of 330 KIAA cDNA clones (англ.) // DNA Res. : journal. — 2003. — Vol. 9, no. 3. — P. 99—106. — doi:10.1093/dnares/9.3.99. — PMID 12168954.
  • Laggerbauer B., Lauber J., Lührmann R. Identification of an RNA-dependent ATPase activity in mammalian U5 snRNPs (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 1996. — Vol. 24, no. 5. — P. 868—875. — doi:10.1093/nar/24.5.868. — PMID 8600454.
  • Meister G., Hannus S., Plöttner O., et al. SMNrp is an essential pre-mRNA splicing factor required for the formation of the mature spliceosome (англ.) // EMBO J. : journal. — 2001. — Vol. 20, no. 9. — P. 2304—2314. — doi:10.1093/emboj/20.9.2304. — PMID 11331595.
  • Andersen J.S., Lyon C.E., Fox A.H., et al. Directed proteomic analysis of the human nucleolus (англ.) // Curr. Biol. : journal. — 2002. — Vol. 12, no. 1. — P. 1—11. — doi:10.1016/S0960-9822(01)00650-9. — PMID 11790298.
  • Jurica M.S., Licklider L.J., Gygi S.R., et al. Purification and characterization of native spliceosomes suitable for three-dimensional structural analysis (англ.) // RNA : journal. — 2002. — Vol. 8, no. 4. — P. 426—439. — doi:10.1017/S1355838202021088. — PMID 11991638.
  • Peng R., Dye B.T., Pérez I., et al. PSF and p54nrb bind a conserved stem in U5 snRNA (неопр.) // RNA. — 2002. — Т. 8, № 10. — С. 1334—1347. — doi:10.1017/S1355838202022070. — PMID 12403470.
  • Nakayama M., Kikuno R., Ohara O. Protein–Protein Interactions Between Large Proteins: Two-Hybrid Screening Using a Functionally Classified Library Composed of Long cDNAs (англ.) // Genome Res. : journal. — 2003. — Vol. 12, no. 11. — P. 1773—1784. — doi:10.1101/gr.406902. — PMID 12421765.
  • Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H., et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932.
  • Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T., et al. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 2004. — Vol. 36, no. 1. — P. 40—5. — doi:10.1038/ng1285. — PMID 14702039.
  • Will C.L., Schneider C., Hossbach M., et al. The human 18S U11/U12 snRNP contains a set of novel proteins not found in the U2-dependent spliceosome (англ.) // RNA : journal. — 2004. — Vol. 10, no. 6. — P. 929—941. — doi:10.1261/rna.7320604. — PMID 15146077.
  • Vertegaal A.C., Ogg S.C., Jaffray E., et al. A proteomic study of SUMO-2 target proteins (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2004. — Vol. 279, no. 32. — P. 33791—33798. — doi:10.1074/jbc.M404201200. — PMID 15175327.
  • Beausoleil S.A., Jedrychowski M., Schwartz D., et al. Large-scale characterization of HeLa cell nuclear phosphoproteins (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2004. — Vol. 101, no. 33. — P. 12130—12135. — doi:10.1073/pnas.0404720101. — PMID 15302935.
  • Jin J., Smith F.D., Stark C., et al. Proteomic, functional, and domain-based analysis of in vivo 14-3-3 binding proteins involved in cytoskeletal regulation and cellular organization (англ.) // Curr. Biol. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 16. — P. 1436—1450. — doi:10.1016/j.cub.2004.07.051. — PMID 15324660.
  • Gerhard D.S., Wagner L., Feingold E.A., et al. The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Res. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334.
  • Andersen J.S., Lam Y.W., Leung A.K., et al. Nucleolar proteome dynamics (англ.) // Nature. — 2005. — Vol. 433, no. 7021. — P. 77—83. — doi:10.1038/nature03207. — PMID 15635413.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.