Озеро Глубокое с прилегающими к нему массивами леса

Окружающие озеро Глубокое леса весьма разнообразны, они имеют большое водоохранное значение и представляют несомненную ценность как сравнительно хорошо сохранившиеся участки условно-коренных лесов и их производных. Здесь распространены хвойно-широколиственные леса, субнеморальные еловые леса с березой и осиной, участки старых осиново-дубовых и дубовых лещиновых широкотравных лесов, сырые и заболоченные черноольховые, березово-осиновые и осиновые влажнотравные леса. Значительные площади в заказнике занимают мелиорированные заболоченные мелколесья, болота разного типа. В озере Глубоком произрастают редкие водные растения.

Елово-широколиственные леса с елью, дубом, кленом платановидным, березой и осиной лещиновые кислично-папоротниково-широкотравные приурочены к относительно богатым дренированным почвам. В древостое доминирует ель, участвуют дуб черешчатый (диаметр стволов — 50-60 см) и осина, единично встречаются старые березы. В подросте участвуют ель и клен, местами выходящие во второй древесный ярус. Кроме лещины в кустарниковом ярусе участвуют жимолость лесная, бересклет бородавчатый, калина и волчеягодник обыкновенный, или волчье лыко (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении). В травяном покрове доминируют кислица обыкновенная и типичные виды дубравного широкотравья — сныть обыкновенная, зеленчук жёлтый, копытень европейский, медуница неясная, чина весенняя, звездчатка жестколистная, встречаются бор развесистый, лютик кашубский, осока волосистая (пятна), щитовник картузианский, фиалка удивительная, пролесник многолетний (пятна), костяника, хвощ лесной, ландыш майский, а также занесенные в Красную книгу Московской области ветреница дубравная и шалфей клейкий. Весной обильна ветреница лютиковая. Местами растут голокучник Линнея, щитовник распростёртый.

Старовозрастный еловый лес с березой и дубом лещиновый кислично-папоротниково-широкотравный находится к востоку от озера. В кустарниковом ярусе участвуют лещина и жимолость лесная, в травяном ярусе обильны сныть, щитовники мужской и картузианский, звездчатка жестколистная, копытень, медуница неясная, встречаются осока лесная, бор развесистый, воронец колосистый, адокса мускусная, земляника мускусная, гнездовка настоящая (последние два вида — редкие и уязвимые, не включенные в Красную книгу Московской области, но нуждающиеся на территории области в постоянном контроле и наблюдении). В таких спелых ельниках кислично-широкотравных отмечаются куртины сухих елей, поврежденных короедом-типографом.

На дренированных участках в северной части заказника произрастают сообщества березово-еловых кислично-широкотравных лесов с подростом дуба и клена. В них хорошо развит подлесок из лещины, травяной ярус из видов дубравного широкотравья, кислицы, папоротников с участием ландыша, волчеягодника обыкновенного. Здесь в березово-еловом лесу с лещиной найден гриб ежевик коралловидный, занесенный в Красную книгу Московской области.

К югу и востоку от озера Глубокое развиты производные березовые и осиново-березовые леса с дубом, разнотравно-широкотравные с подростом дуба, клена, рябины и ели. В их кустарниковом ярусе кроме лещины встречаются бересклет бородавчатый и жимолость лесная; в травяном ярусе обычны земляника лесная, костяника, ландыш майский, осока волосистая. Участки, где преобладает дуб, сменяются высокоствольными березняками с зарослями лещины, кленом и дубом во втором ярусе. На стволах старых берез вблизи Гидробиологической станции обилен лишайник бриория буроватая, а на стволах старых осин изредка встречается мох некера перистая (оба вида занесены в Красную книгу Московской области).

Вблизи опушек леса по границам заказника встречаются небольшие по площади производные дубовые леса, в древостое которых постоянна примесь осины, ели. В травостое обильны сныть обыкновенная, копытень, живучка, щитовник мужской, ландыш майский, фиалка удивительная. Участок почти чистого дубового старовозрастного леса с густым кустарниковым ярусом из лещины высотой 6—8 м находится на восточном берегу озера. Диаметр стволов старых дубов на берегу озера достигает 80—100 см, на некоторых из них редко встречается рамалина чашечковидная (занесена в Красную книгу Московской области). Во втором ярусе участвует клен платановидный, а в кустарниковом ярусе помимо лещины растут крушина ломкая, черемуха, жимолость лесная, калина; в травяном покрове — медуница неясная (обильна), щитовники мужской и картузианский, недотрога мелкоцветковая, скерда болотная, осока лесная, хвощ полевой, кочедыжник женский. На самом берегу озера кроме дуба в древостое участвуют береза и чёрная ольха.

Сыроватые осиново-еловые, березово-еловые и березово-осиновые с елью лещиновые леса с дубом и кленом папоротниково-широкотравные распространены в основном к востоку от озера. В травяном покрове кроме видов широкотравья растут кислица, папоротники, осока лесная, скерда болотная, борец высокий. В мелколиственно-еловых лесах здесь встречается печеночница благородная, а в елово-широколиственных лесах — баранец обыкновенный (оба занесены в Красную книгу Московской области).

По окнам и прогалинам здесь растут тайник яйцевидный и дремлик широколистный (редкие и уязвимые виды, не включенные в Красную книгу Московской области, но нуждающиеся на территории области в постоянном контроле и наблюдении). На старых осинах редко встречается лишайник анаптихия реснитчатая, занесенный в Красную книгу Московской области. В сыроватых еловых лесах рядом с болотами изредка встречается занесенный в Красную книгу Московской области ладьян трехраздельный, а в 0,5 км к северо-востоку от озера на границе ельника и небольшого болотца произрастает венерин башмачок настоящий, занесенный в Красную книгу Российской Федерации и в Красную книгу Московской области.

На сырых прогалинах в лесах заказника обильны скерда болотная, хвощ лесной, кочедыжник женский, дудник лесной, встречаются василистник водосборолистный, купальница европейская, пальчатокоренник Фукса, любка двулистная (последние три вида — редкие и уязвимые виды, не включенные в Красную книгу Московской области, но нуждающиеся на территории области в постоянном контроле и наблюдении). Очень редко на сырых лесных полянах к северо-западу от озера в 1960-х годах находили шпажник, или гладиолус черепитчатый, занесенный в Красную книгу Московской области.

Помимо елово-широколиственных лесов и их производных к востоку и юго-востоку от озера на более бедных почвах встречаются участки березово-еловых с осиной, жимолостью лесной кисличных субнеморальных лесов с дубравными (копытень, зеленчук, медуница, звездчатка жестколистная) и таёжными видами, такими как кислица, ожика волосистая, седмичник европейский, майник двулистный, фегоптерис связывающий, щитовник картузианский. Значительная часть еловых древостоев здесь сильно повреждена либо уничтожена короедом-типографом.

Встречаются старовозрастные березово-еловые, елово-березовые с елью во втором ярусе и березово-осиново-еловые субнеморальные леса с подростом клена платановидного, ели и рябины; лещина в таких ельниках не образует густых зарослей; в кустарниковом ярусе отмечается также жимолость лесная; в травяном ярусе участвуют копытень, кислица обыкновенная, медуница неясная, зеленчук жёлтый, чина весенняя, щитовники мужской и распростёртый, осока волосистая, весной местами обильна ветреница дубравная.

Еловые кислично-зеленомошные и чернично-долгомошно-сфагновые леса встречаются редко, в основном рядом с болотами. В них растут грушанки малая, круглолистная и средняя (занесена в Красную книгу Московской области), ортилия однобокая, двулепестник альпийский, голокучник Линнея, осока пальчатая, плауны годичный и булавовидный (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении). Изредка встречаются фиалка теневая, или Селькирка, и одноцветка одноцветковая (занесена в Красную книгу Московской области). На почве развиты зеленые мхи — плеврозиум Шребера, гилокомиум блестящий, виды дикранумов; на ветвях елей растут редкие лишайники из рода Уснея, занесенные в Красную книгу Московской области.

В местообитаниях с более легкими почвами в небольших участках елово-сосновых зеленомошных лесов к северо-востоку от озера были отмечены гудайера ползучая и зимолюбка зонтичная (оба вида занесены в Красную книгу Московской области). По опушкам здесь встречаются можжевельник обыкновенный, колокольчик персиколистный (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), обилен ландыш майский.

На территории заказника имеются лесные культуры ели (высота до 10 м и диаметр стволов до 10—15 см) с ивой козьей и березой. Местами встречаются лесные культуры сосны и лиственницы.

На лугах и крупных разнотравно-злаково-влажнотравных полянах среди водораздельных лесов есть подрост ивы козьей и осины. В травяном покрове обильны ежа сборная, дудник лесной, кострец безостый, герань болотная, васильки луговой и фригийский, бодяк полевой, купырь лесной, горошки заборный и мышиный, овсяница луговая, пырей ползучий, буквица лекарственная, полевица тонкая, зверобой продырявленный, колокольчик раскидистый; на нарушенных участках встречаются бутень ароматный, иван-чай узколистный, вейник наземный.

В лесном покрове на водоразделах по ложбинам стока, сырым и заболоченным понижениям распространены ельники влажнотравные с ольхой серой, подростом ели, ивами козьей и пепельной, таволгой вязолистной, камышом лесным и вейником сероватым. Здесь на ветвях елей нередко встречаются занесенные в Красную книгу Московской области уснея нитчатая, или густобородая (длина слоевища более 25 см), гипогимния трубчатая и бриория буроватая. В схожих местообитаниях встречаются также сырые сероольшаники с осиной, ивами и зарослями крапивы и таволги вязолистной, а также участки заболоченных березняков с тростником и камышом лесным.

Хорошо дренированные склоны долины реки Малая Истра заняты березово-еловыми и березовыми широкотравными и кислично-папоротниковыми типами леса с обилием дубравных элементов. В подросте встречаются береза, ель, местами — клен платановидный. Кустарниковый ярус из лещины хорошо выражен. В напочвенном покрове доминирует копытень европейский, велика примесь живучки ползучей, щитовников картузианского и мужского, ландыша майского, на склонах растет колокольчик широколистный (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении). В березовом лещиновом широкотравном лесу в северо-западной части заказника изредка встречается подлесник европейский — вид, включенный в Красную книгу Московской области.

К западу от озера на сырых и заболоченных лугах с валерианой лекарственной, вероникой длиннолистной, хвощом болотным, купальницей европейской, бодяком болотным, осоками лисьей, просяной, бледноватой, василистником светлым, горцом змеиным, осокой двутычинковой, белозором болотным встречаются занесенные в Красную книгу Московской области редкие растения: кокушник клобучковый, или длиннорогий, пальчатокоренник кровавый, ужовник обыкновенный, а также синюха голубая и горечавка легочная (последние два — редкие и уязвимые виды, не включенные в Красную книгу Московской области, но нуждающиеся на территории области в постоянном контроле и наблюдении).

На северо-восточном берегу озера на осоковом болоте встречаются осоки острая, сероватая, омская и волосистоплодная, по краю болота растет пальчатокоренник мясо-красный (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении).

Небольшое переходное с чертами верхового березовое с елью и сосной осоково-сфагновое болото расположено в центральной части квартала 99. Древостой разреженный и низкорослый, кустарниковый ярус из ивы ушастой развит фрагментарно. В травяно-кустарничковом ярусе обильны осока волосистоплодная, багульник болотный, вахта трехлистная. Сплошной моховой покров образован сфагнумами обманчивым, Гиргензона и центральным. На ветвях елей и берез здесь растут редкие лишайники, занесенные в Красную книгу Московской области: уснеи жестковолосатая, оголяющаяся и почти цветущая.

Сфагновое болото олиго-мезотрофного типа на северо-западном берегу озера Глубокое отличается богатым видовым составом растительности. Кустарниковый ярус образован ивами — пепельной, Штарка, розмаринолистной, лопарской, черничной (занесена в Красную книгу Московской области). В травяном покрове доминирует осока волосистоплодная, встречаются осоки струннокорневая и ежистоколючая, вейник Лангсдорфа, пушица стройная (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), щитовник гребенчатый, росянка круглолистная, ситник нитевидный, а также хаммарбия болотная, дремлик болотный (по краю леса) и пальчатокоренник Траунштейнера, занесенные в Красную книгу Московской области. На верховых участках болота обильны пушица влагалищная, подбел многолистный, болотный мирт и клюква болотная.

Наиболее крупный массив верхового болота расположен на северной границе заказника в кварталах 97 и 100. По краю болота идет полоса березняка с сосной осоково-клюквенного сфагнового, развит сплошной покров из сфагновых мхов, обильны клюква болотная и болотный мирт. В центральной части болота из разреженного древостоя выпадает береза. Здесь доминантом травяно-кустарничкового яруса выступает багульник болотный, в примеси к нему участвует голубика. К пониженным участкам этого болотного массива приурочены сообщества сосново-березовых переходных болот с ивой пепельной. В травостое доминирует вейник сероватый, в примеси к нему встречаются сабельник болотный, вахта трехлистная. Моховой покров не сомкнутый, образован видами сфагнумов и зеленых таёжных мхов.

Для заболоченных влажнотравных черноольшаников с участием березы и ели, развитых в ложбинах стока к юго-западу от Гидробиологической станции и по берегам озера в северной части заказника, характерно обилие ивы пепельной, крапивы двудомной, таволги вязолистной, камыша лесного, вербейника обыкновенного, гравилата речного, пырейника собачьего. По периферии некоторых черноольшаников встречаются сырые разнотравно-таволгово-крапивные луга с подростом ольхи и черемухи.

Южный, западный и северный берега озера сырые или заболоченные. Западнее, юго-западнее и севернее озера находятся черноольшаники с березой влажнотравные. Здесь проходит сеть старых мелиоративных канав, которые впадают в магистральную канаву, обходящую озеро с запада, и в спрямленную (канализованную) реку Малую Истру, вытекающую из озера. Древостой, образованный чёрной ольхой с примесью березы пушистой, достигает высоты 15—18 метров и сомкнутости 0,9. Кустарниковый ярус выражен фрагментарно (смородина чёрная, ива пепельная и пятитычинковая), в подросте обильна ольха. В травостое участвуют крапива и типичные представители влажнотравья — таволга вязолистная, хвощ речной, осоки вздутая и береговая, камыш лесной, подмаренник болотный. В черноольшанике здесь встречается осока ситничек, а по сырым берегам обводной канавы растет мытник болотный (редкие и уязвимые виды, не включенные в Красную книгу Московской области, но нуждающиеся на территории области в постоянном контроле и наблюдении). На повышенных участках здесь много папоротников — щитовников мужского, гребенчатого и картузианского.

На сырых плоских поверхностях к югу от озера рядом с черноольшаниками встречаются ольхово-пушистоберезовые со старыми осинами и единичными дубами хвощево-широкотравные с папоротниками и влажнотравьем сообщества. Диаметр стволов осин, ольхи и берез достигает 40 см, изредка встречается ель.

В заболоченных западинах по берегам озера растут группы черемухи, ивы пепельной, а в травяном покрове — камыш лесной, манник плавающий, зюзник европейский, таволга вязолистная. Часто черноольшаники подходят к берегу озера, здесь в них произрастают смородина чёрная, телиптерис болотный, ирис аировидный, осоки сытевидная, удлиненная, ежистоколючая, сближенная, дернистая и заостренная, фиалка лысая, белокрыльник болотный, вех ядовитый, лютик длиннолистный, хвощ речной.

Берега озера местами заняты болотами и участками кустарничково-сфагновой и осоково-сфагновой сплавины с сабельником, телиптерисом болотным, осокой топяной, белокрыльником болотным.

Вдоль восточного берега озера на мелководье тянется пояс из тростника южного и хвоща речного. У берега кроме тростника растут осока заостренная, белокрыльник болотный, зюзник европейский, камыш лесной, вех ядовитый, стрелолист обыкновенный, паслен сладко-горький, вахта трехлистная, кизляк кистецветный, мята полевая, рогоз широколистный, щавель водяной, дербенник иволистный, шлемник обыкновенный, череда поникшая и трехдольная. Единичны деревья ольхи чёрной, реже березы, ивы белой, а также ивы пепельной. Прерывистая тростниковая полоса тянется также вдоль южного и северного берегов озера.

В самом озере растут роголистник погруженный, уруть колосистая, кувшинка белоснежная (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), кубышка жёлтая, элодея канадская, рдесты курчавый, плавающий, пронзеннолистный, длиннейший и туполистный (изредка), ближе к берегам — ряски малая и трехдольная, водокрас лягушачий, лютик расходящийся, горец земноводный.

У западного и восточного берегов озера встречаются два очень редких вида, занесенные в Красную книгу Московской области, — ежеголовники злаковый и узколистный и их гибриды, а также охраняемый в области редкий водный мох — фонтиналис гипновидный. Озеро Глубокое — единственное в области место произрастания ежеголовника узколистного, который, как и крайне редкий ежеголовник злаковый, требует особо чистой воды, поэтому в охране нуждается весь водосбор территории.

Видовой состав фауны позвоночных животных заказника характерен для еловых и елово-широколиственных лесов западной части Московской области, включающих большие участки сырых ольшаников и березняков на низинных заболоченных участках. Относительная малодоступность и обширность территории заказника, а также длительный период её изучения определили богатство видового состава зарегистрированных здесь позвоночных животных, особенно птиц. Здесь встречено также значительное количество редких и охраняемых видов животных.

На территории заказника отмечено обитание 206 видов позвоночных животных, в том числе 16 видов рыб, 8 видов земноводных, 2 видов пресмыкающихся, 136 видов птиц (из которых не менее 105 видов гнездятся) и не менее 44 видов млекопитающих. За всю историю наблюдений, которые проводятся на современной территории заказника с 1891 г., здесь были зарегистрированы 156 видов птиц.

Основу фаунистического комплекса наземных позвоночных животных составляют виды, характерные для лесной зоны средней полосы европейской России.

В пределах заказника можно выделить три основных зоокомплекса: лесную зооформацию, зооформацию околоводных и водных местообитаний и зооформацию экотонных опушечных местообитаний.

Виды лесной зооформации обитают в расположенных на территории заказника еловых, елово-широколиственных и мелколиственных лесах, в том числе в заболоченных черноольшаниках и березняках на северном, западном и южном берегах озера. Лесные биотопы населяют обыкновенный еж, европейский крот, обыкновенная и малая бурозубки, лесная куница, горностай, ласка, лесной хорь, барсук (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), заяц-беляк, обыкновенная белка, рыжая полевка, малая лесная мышь, европейская косуля (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), лось, регулярно заходит пятнистый олень; с начала 1980-х гг. появился и стал обычным видом азиатский бурундук (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении). Постоянно обитает обыкновенная рысь, занесенная в Красную книгу Московской области. Встречаются летучие мыши: нетопырь-карлик, лесной нетопырь, двухцветный кожан, бурый ушан, рыжая вечерница (четыре последних вида являются редкими и уязвимыми, не включенными в Красную книгу Московской области, но нуждающимися на территории области в постоянном контроле и наблюдении).

Из птиц здесь отмечались на гнездовье чёрный коршун, полевой лунь (оба вида занесены в Красную книгу Московской области), тетеревятник, перепелятник, чеглок, тетерев и глухарь (редкие и уязвимые виды, не включенные в Красную книгу Московской области, но нуждающиеся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), рябчик, черныш, вальдшнеп, вяхирь, клинтух (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), обыкновенная кукушка, ушастая сова, мохноногий сыч, воробьиный сыч (оба являются редкими и уязвимыми видами, не включенными в Красную книгу Московской области, но нуждающимися на территории области в постоянном контроле и наблюдении), серая неясыть, длиннохвостая неясыть (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), обыкновенный козодой (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), зелёный дятел, седой дятел (оба вида занесены в Красную книгу Московской области), желна, большой пестрый дятел, белоспинный дятел (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), малый пестрый дятел, трехпалый дятел (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), иволга, сойка, кедровка (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), ворон, крапивник, лесная завирушка, речной сверчок, зелёная пересмешка, славка-черноголовка, садовая славка, пеночка-весничка, пеночка-теньковка, пеночка-трещотка, зелёная пеночка, желтоголовый королек, мухоловка-пеструшка, малая мухоловка, серая мухоловка, обыкновенная горихвостка, зарянка, чёрный дрозд, певчий дрозд, белобровик, деряба (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), длиннохвостая синица, пухляк, хохлатая синица (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), московка, большая синица, обыкновенная лазоревка, обыкновенный поползень, обыкновенная пищуха, зяблик, чиж, клест-еловик, обыкновенный снегирь. Кроме того, здесь отмечены, но не гнездились ещё 7 видов птиц, среди которых виды, занесенные в Красные книги Российской Федерации и Московской области, — большой подорлик, орлан-белохвост, белая лазоревка, или князек. Из земноводных обитают серая жаба, травяная и остромордая лягушки, обыкновенный тритон. В прежние годы отмечался и был довольно обычным гребенчатый тритон (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), однако после появления на озере и в окрестных небольших водоемах ротана численность гребенчатого тритона катастрофически снизилась.

Виды зооформации околоводных и водных местообитаний на территории заказника населяют озеро Глубокое, вытекающую из него реку Малая Истра и систему мелиоративных канав к западу, северо-западу и юго-западу от озера.

В озере в настоящее время обитает 16 видов рыб: обыкновенная щука, лещ, обыкновенный жерех, серебряный карась, обыкновенный карп (сазан), пескарь, верховка, голавль, язь, елец, обыкновенный горчак, плотва, вьюн, речной окунь, обыкновенный ерш и ротан. Массовыми видами рыб в озере являются верховка, речной окунь, лещ, горчак, плотва, обыкновенная щука, ротан, на некоторых участках — ёрш. В последние десятилетия в озере появились жерех, серебряный карась, карп, пескарь, горчак, ротан, очень редким стал ранее обычный елец. Жерех, голавль, елец, горчак, вьюн отнесены к редким и уязвимым видам, не включенным в Красную книгу Московской области, но нуждающимся на территории области в постоянном контроле и наблюдении.

Из млекопитающих здесь постоянно обитают обыкновенная кутора (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), обыкновенный бобр, ондатра, водяная полевка (последние два вида стали очень редки) и американская норка; редко заходит речная выдра (вид занесен в Красную книгу Московской области). До середины 1990-х гг. по центральной мелиоративной канаве, проходящей по Казенному болоту, изредка встречалась европейская норка, занесенная в Красную книгу Московской области. Из птиц гнездятся кряква, свистунок, гоголь, серый журавль (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), погоныш (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), камышница, перевозчик, бекас, обыкновенный зимородок (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), белая трясогузка, камышевка-барсучок, болотная камышевка, дроздовидная камышевка, камышовая овсянка. Кормятся на водоемах, но не гнездятся в заказнике серая цапля, скопа (вид, занесенный в Красные книги России и Московской области), озерная чайка, сизая чайка, речная крачка (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении); в период пролёта и летних кочевок отмечались чернозобая гагара (вид, занесенный в Красные книги России и Московской области), чомга, большая выпь (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), трескунок, красноголовый нырок, хохлатая чернеть, лысуха, большой кроншнеп (вид, занесенный в Красные книги России и Московской области). В целом по причине незначительного развития тростниковых и рогозовых зарослей и отмелей видовой состав водоплавающих и околоводных птиц на озере Глубоком довольно беден, и численность их невысока. Из пресмыкающихся отмечен обыкновенный уж (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), из земноводных — прудовая лягушка и единично озёрная лягушка. Уникальна фауна водных беспозвоночных озера, изучением которых с 1891 г. занимается расположенная на берегу озера Гидробиологическая станция имени Ю. А. Зографа ИПЭЭ РАН.

Опушечные биотопы представлены краем леса вдоль северной границы заказника и лесными полянами. Здесь встречаются заяц-русак, полевка-экономка, полёвка обыкновенная, полёвка темная (пашенная), мышь-малютка, мышь полевая. В помещениях Гидробиологической станции и в лесу на восточном берегу озера обитает домовая мышь, на территории станции до недавнего времени также встречалась серая крыса.

Из птиц здесь отмечены канюк, обыкновенная пустельга (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), обыкновенная горлица (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), лесной конёк, обыкновенный жулан, скворец, серая ворона, сорока, садовая камышовка, ястребиная славка (вид, занесенный в Красную книгу Московской области), славка-завирушка, серая славка, луговой чекан, соловей, зеленушка, черноголовый щегол, чечевица, дубонос (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), обыкновенная овсянка. На опушки заходят луговые виды — перепел (редкий и уязвимый вид, не включенный в Красную книгу Московской области, но нуждающийся на территории области в постоянном контроле и наблюдении), коростель, полевой жаворонок, жёлтая трясогузка, обыкновенный сверчок; над опушками и прилегающими луговыми пространствами кормятся чёрный стриж, деревенская и городская ласточки. Из пресмыкающихся в опушечных местообитаниях представлена живородящая ящерица, из земноводных — очень редкая в окрестностях заказника зелёная жаба (вид, занесенный в Красную книгу Московской области).

Широко представлены в данных местообитаниях различные насекомые, в том числе разнообразные бабочки, в том числе являющиеся редкими и уязвимыми видами, не включенными в Красную книгу Московской области, но нуждающимися на территории области в постоянном контроле и наблюдении, пестрокрыльница изменчивая, дневной павлиний глаз, адмирал, углокрыльница С-белое, малый ленточник, разнообразные перламутровки, воловий глаз, цветочный глазок, а также занесенные в Красную книгу Московской области перламутровка лаодика и зефир березовый.

Во всех биотопах, в том числе в водно-болотных угодьях, встречаются обыкновенная лисица, енотовидная собака, кабан. Волк на территории заказника появился в 1943 г., а с 1947 г. стал многочислен, наносил вред скоту в окрестных деревнях. Вплоть до 2003 г. в осенне-зимний период Озернинским лесохотхозяйством ежегодно производился отстрел 2-3 голов волка, в отдельные годы до 6 особей. Отмечался волк у границы заказника и в июне 2005 г.