Гербарий Московского университета

Исходя из размеров и научной деятельности того или иного гербария, за ними закрепляется право определенного количества голосов на Номенклатурной секции Международного ботанического конгресса. Цель заседаний Номенклатурной секции — внесение текущих изменений в Международный кодекс номенклатуры водорослей, грибов и растений. На Конгрессе в Шэньчжэне (июль 2017 г.) за российскими Гербариями закреплено 24 голоса из 926, в т.ч. три голоса за Гербарием МГУ [3]. Это на один голос больше, чем в 2011 году.

Ранее, в конце 1990-х — начале 2000-х гг. при поддержке РФФИ (грант № 98-07-91048э) было отсканировано и размещено в Интернете (http://herba.msu.ru/pictures/mw_type/index.html) около 600 изображений типов гербария МГУ. Кроме того, 63 образца были изданы на CD «Herbarium Linnaeanum». С тех пор работы по оцифровке не получали специального финансирования и были приостановлены.

В рамках комплексной программы «Научные основы создания Национального банка-депозитария живых систем» (грант РНФ № 14-50-00029) по направлению «Растения» Гербарий МГУ получил финансирование на оцифровку коллекций. Коллектив гербария задался целью за три года перевести в цифровой вид и представить в Интернете около 1 млн образцов из фондов гербария МГУ. Согласно приоритетам РНФ (Арктика, Дальний Восток), в качестве пилотных объектов по оцифровке фондов в 2015 г. были выбраны отделы Сибири — Дальнего Востока и Восточной Европы. В 2005 г. сотрудниками были подведены итоги инвентаризации фондов Гербария, занявшей более 10 лет. В последующие годы табличная база данных ежегодно актуализировалась, в ней учитывались новые включения и переопределения. Перед началом работ по оцифровке была выполнена работа по верификации содержательной части базы по сосудистым растениям .

Каждый из образцов до сканирования проходил через несколько процедур, необходимых для получения информативных изображений. На каждый лист был наклеен штрихкод международного стандарта с уникальным идентификатором образца. Далее у каждого образца открывалась этикетка (если она была закрыта растением или сложена), важные отломанные фрагменты растений прикреплялись к образцу, проверялось наличие ярлыков с переопределениями и порядок расположения фондового материала. В редких случаях приходилось заменять ветхие обложки, исправлять указатели, размещать образцы мелкого формата на стандартных листах монтировочной бумаги, повторно проверять номенклатуру. Всего в этой работе (вместе с помощниками) принимало участие 65 человек.

Сканирование коллекции велось силами компании-партнера. Этот процесс осуществлялся согласно техническому заданию со следующими основными параметрами изображений. Основное изображение: формат TIFF, 300 dpi; размер файла до 60 MB; массив свыше 30TB. Копия: формат JPG, 300 dpi; сжатие 80 %; размер файла до 2,5 MB; массив около 1,5 TB. Этапы машинной обработки включали: разворот на 90 градусов, обрезку чёрного поля, доворот до прямого угла, распознавание штрихкода, создание JPG-копии .

Научной группой осуществлялась выдача материала на сканирование, обратное вкладывание образцов в обложки, проверка комплектности, возврат в места постоянного хранения. Кроме того, при необходимости выполнялась внеплановая работа: проверка качества изображений после калибровки сканеров; поиск и выдача образцов, отсканированных с физическим браком; поиск образцов с пропущенными штрихкодами; поиск пропущенных образцов; проверка списков папок, отсутствовавших в БД; проверка дублированных файлов.

Созданная в 2015 г. коллекция изображений отсканированных гербарных образцов из фондов гербария МГУ насчитывала сканы 502 тыс. образцов, из которых 156 тыс. из отдела Сибири — Дальнего Востока и 346 тыс. из отдела Восточной Европы .

В 2016 году отсканированы отделы Кавказа, Крыма, Монголии, Зарубежной Азии, Herbarium Alchemillarum и типовые образцы (около 215 000 образцов), а также этикетки с конвертов гербария мхов (73 тыс. образцов) .

В 2017 году отсканированы отделы Средней Азии и Казахстана (96 000 образцов), Америки (12 000 образцов), а также этикетки с конвертов гербария печеночников (4 тыс. образцов) и новые включения .

В 2018 году отсканированы отделы Западной Европы (40 000 образцов), Австралии и Океании (3 300 образцов), а также новые включения. В начале ноября 2018 года работы по оцифровке коллекции полностью завершены .

Станислав Козловский вручает Алексею Серегину премию «Свободные знания» за проект «Цифровой гербарий МГУ»

В результате оцифровки фондов в 2015—2017 гг. объём Цифрового гербария МГУ на 1 января 2018 года составил 911 тысяч образцов . По результатам трёх лет проекта Гербарий МГУ занимает восьмое место в мире по объёмам оцифрованных и опубликованных в интернете фондов (уступает гербариям P, L, NY, PE, US, BR, MEXU) . Он обладает крупнейшими оцифрованными коллекциями по флоре России, Украины, Белоруссии, Молдавии, Казахстана, Латвии, государств Закавказья (кроме Армении), Монголии, Казахстана и четырёх республик Средней Азии . Кроме того, это вторая по величине точка доступа к оцифрованным гербарным образцам из Армении, Литвы, КНДР, Мали и третья для Кипра и Вьетнама.

Публикация отсканированных образцов ведется через двуязычный портал Национального банка-депозитария живых систем (доступны как публичная , так и операционная версии). На 1 января 2018 года на портале содержались отсканированные изображения 910 820 гербарных образцов, принадлежащих к 35 615 видам сосудистых растений и мхов .

Идет работа по наполнению Цифрового гербария МГУ полными метаданными отсканированных образцов, которые включают текст оригинальных этикеток и географические координаты мест сбора каждого образца. Эта работа осуществляется с привлечением волонтёров . На 7 ноября 2018 года географические привязки доступны для 288 751 образцов, для 122 906 образцов в базу данных внесён полный текст этикеток, а ещё для 339 396 образцов отдельные элементы этикеток распознаны автоматически с помощью OCR . С октября 2017 года геопривязка образцов осуществляется с использованием разработанной системы «ИСТРА» (Интеллектуальная Система Топонимического Распознавания и Атрибутирования), которая автоматически привязывает образцы растений к географической точке .

Цифровой гербарий МГУ — крупнейший донор информации о биоразнообразии России для Global Biodiversity Information Facility (GBIF) , международной платформы-агрегатора пространственных биологических данных. Информация о гербарных образцах из Московского университета составляет 65 % от общего объёма электронных данных, опубликованных на GBIF российскими учреждениями, и 23 % от всех имеющихся на GBIF данных о биоразнообразии России , .

На платформе iNaturalist сотрудниками Гербария МГУ организован сбор данных по флоре России на основе принципов «гражданской науки» . Это проект «Флора России». Любой пользователь может загрузить фотографию растения и отметить точку съёмки на карте. После проверки определения данные получают «исследовательский уровень» и также экспортируются в GBIF. Проект был запущен в середине января 2019 года как соревнование между региональными командами . За первый месяц он привлёк более тысячи участников, а число загруженных наблюдений превысило 30 тысяч .

В конце октября 2019 года на «Флоре России» было уже более 200 тысяч изображений, выложенных 3670 участниками[4].

Примерно пятая часть изображений на «Флоре России» остается под несвободной лицензией. По состоянию на декабрь 2019 года под свободной лицензией были 225 885 изображений от 3832 человек, а под несвободными лицензиями оставались 45 722 изображений (20,2 % от общего числа загруженных) от 2258 пользователей[5].

В платформу встроено автоматическое распознавание растений на основе нейросети. Каждая загруженная фотография после проверки определения экспертами используется для обучения системы, что вкупе с пространственными данными о распространении растений позволяет совершенствовать алгоритмы машинного определения .

Гербарий Московского университета открыт для профессиональных ботаников, ведущих научные исследования, с понедельника по пятницу с 9 до 17 часов без предварительного уведомления. Гербарий расположен в биолого-почвенном корпусе МГУ в аудиториях 401 и 501. Сотрудники Гербария, по предварительному согласованию, устраивают ознакомительные экскурсии для непрофессиональных посетителей[1].

Заведующий Гербарием в 2017 году — член-корреспондент РАН, заслуженный профессор МГУ, доктор биологических наук Вадим Николаевич Павлов[1].

Гербарий постоянно привлекает к работе волонтёров, имеющих начальные познания в ботанике , .

С лета 2017 года в Гербарии МГУ открыта конкурсная программа трёх-шестимесячных стажировок для аспирантов российских организаций , . Осенью 2017 года открыта программа бесплатных стажировок по программе менторства для студентов естественных факультетов московских вузов

• Гербарий
• Список крупнейших гербариев мира
• Список гербариев России
• Московский государственный университет
• Биологический факультет МГУ
• Зоологический музей Московского государственного университета
• Ботанический сад биологического факультета МГУ
• Аптекарский огород
• Флора России (интернет-проект)

• Портал Гербария МГУ