ImageJ

ImageJ — программа с открытым исходным кодом для анализа и обработки изображений. Написана на языке Java сотрудниками National Institutes of Health[2] и распространяется без лицензионных ограничений как общественное достояние. Открытый API позволяет гибко наращивать функциональность за счёт подключаемых плагинов, а встроенный макроязык — автоматизировать сложные повторяющиеся действия[3]. ImageJ широко применяется в биомедицинских исследованиях, астрономии, географии и других дисциплинах, связанных с анализом изображений, в качестве альтернативы проприетарному ПО.

ImageJ

Скриншот ImageJ
Тип Обработка изображений
Разработчик Wayne Rasband (NIH)
Написана на Java[1]
Операционная система Any (Java-based)
Аппаратная платформа Java Virtual Machine
Последняя версия 1.52u (17 марта 2020)
Лицензия Public Domain
Сайт imagej.net
 Медиафайлы на Викискладе

Плагины сторонних разработчиков охватывают широкий круг задач анализа и обработки изображений: позволяют проводить трёхмерную визуализацию в диапазоне от клеток до рентгенологических изображений[4], автоматические сравнения[5] вплоть до создания автоматизированных систем изучения, например, в гематологии[6]. Архитектура плагинов ImageJ и встроенная в программу система разработки делает эту платформу весьма популярной для работы и преподавания анализа и обработки изображений[7][8].

ImageJ может работать как онлайн апплет, загружаемое приложение. Использование приложения возможно во всех операционных системах, для которых существует Java Virtual Machine версии 1.4 или более поздней: Microsoft Windows, Mac OS, Mac OS X, Linux и Sharp Zaurus PDA. Исходный код ImageJ также находится в свободном доступе[9].

Идеолог и разработчик проекта — Wayne Rasband (Research Services Branch of the National Institute of Mental Health).

Особенности

ImageJ позволяет отображать, редактировать, анализировать, обрабатывать, сохранять и печатать 8-битные, 16-битные и 32-битные изображения. Программа может читать многие форматы изображений, такие как TIFF, PNG, GIF, JPEG, BMP, DICOM, FITS, а также raw форматы. ImageJ поддерживает стеки — серии изображений, которые объединены в одном окне, а многопоточные трудоемкие операции могут выполняться на многопроцессорных системах в параллельном режиме. В ImageJ можно вычислять площади, статистические показатели пиксельных значений различных выделенных областей интереса на изображениях, которые выделены вручную или при помощи пороговых функций. Программа может измерять расстояния и углы. Она может создавать гистограммы плотности и рисовать профили линий. ImageJ поддерживает стандартные функции обработки изображений, такие как логические и арифметические операции между изображениями, манипуляции с контрастностью, свертки, фурье-анализ, повышение резкости, сглаживание, обнаружение границ и медианный фильтр. Программа позволяет производить различные геометрические преобразования, такие как масштабирование, поворот или отражение. Программа поддерживает любое количество одновременно используемых изображений, ограничение связано только с объёмом доступной памяти.

История

До начала создания ImageJ в 1997 году аналогичный анализ изображений позволяла проводить бесплатная программа, известная как NIH Image, которая была разработана для компьютеров Macintosh и работала на до-Mac OS X операционных системах. Дальнейшее развитие этого кода продолжалось в направлении использования изображений SXM, вариантах специально разработанных для физических исследований изображений сканирующих микроскопов. Также была разработана Windows версия поддерживаемая Scion Corporation. Обе версии по-прежнему доступны[10].

Примечания
  1. The image_j Open Source Project on Open Hub: Languages Page — 2006.
  2. Collins T.J. ImageJ for microscopy (англ.) // BioTechniques : journal. — 2007. — July (vol. 43, no. 1 Suppl). — P. 25—30. — doi:10.2144/000112517. — PMID 17936939.
  3. Girish V., Vijayalakshmi A. Affordable image analysis using NIH Image/ImageJ (англ.) // Indian J Cancer : journal. — 2004. — Vol. 41, no. 1. — P. 47. — PMID 15105580.
  4. Barboriak D., Padua A., York G., Macfall J. Creation of DICOM-aware applications using ImageJ (неопр.) // J Digit Imaging. — 2005. — Т. 18, № 2. — С. 91—9. — doi:10.1007/s10278-004-1879-4. — PMID 15827831.
  5. Rajwa B., McNally H., Varadharajan P., Sturgis J., Robinson J. AFM/CLSM data visualization and comparison using an open-source toolkit (англ.) // Microsc Res Tech : journal. — 2004. — Vol. 64, no. 2. — P. 176—184. — doi:10.1002/jemt.20067. — PMID 15352089.
  6. Gering E., Atkinson C. A rapid method for counting nucleated erythrocytes on stained blood smears by digital image analysis (англ.) // J Parasitol : journal. — 2004. — Vol. 90, no. 4. — P. 879—881. — doi:10.1645/GE-222R. — PMID 15357090.
  7. Burger W., Burge M. Digital Image Processing: An Algorithmic Approach Using Java (англ.). — Springer, 2007. — ISBN 1846283795.
  8. Dougherty, G. Digital Image Processing for Medical Applications (англ.). — Cambridge University Press, 2009. — ISBN 9780521860857.
  9. Rueden C.T., Eliceiri K.W. Visualization approaches for multidimensional biological image data (итал.) // BioTechniques : diario. — 2007. — Luglio (v. 43, n. 1 Suppl). — P. 31, 33—6. — doi:10.2144/000112511. — PMID 17936940.
  10. NIH Image: About. Дата обращения: 18 ноября 2008. Архивировано 20 апреля 2012 года.

Литература
  • Jurjen Broeke, Jose Maria Mateos Perez, Javier Pascau. Image Processing with ImageJ. — 2nd Edition. — Packt Publishing, 2015. — 256 с. — ISBN 978-1-78588-983-7.

Ссылки

Дистрибутивы

Для облегчения развертывания ПО, ImageJ распространяется также в составе дистрибутивов.

  • Fiji (рекурсивный акроним от Fiji is Just ImageJ): Дистрибутив ориентирован на работу с медико-биологическими изображениями. Поставляется в бинарном виде (x86, x86_64) для основных ОС (Windows, Linux, MacOS). Содержит предустановленные плагины, средство автоматического обновления, интерфейсы для скриптовых языков (см. Scripting).
  • MBF ImageJ, разрабатываемая McMaster Biophotonics Facility. Только для Windows x86.

Подключаемые модули

Программа NIH Image
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.