Acidobacteria

Acidobacteria (лат.) — тип бактерий. Представители типа широко распространены и имеют разнообразный метаболизм, особенно много их обнаруживается в почве. Однако лишь немногих представителей удалось культивировать[1][2][3].

Acidobacteria

Представитель рода Acidobacterium
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Acidobacteria
Международное научное название
Acidobacteria Thrash and Coates 2012

Систематика
в Викивидах
Изображения
на Викискладе
ITIS  956098
NCBI  57723
EOL  7916
FW  325146

Первый представитель типа, Acidobacterium capsulatum, был описан в 1991 году[4]. Однако в самостоятельным тип Acidobacteria были выделены лишь в 2012 году[5].

Описание

Acidobacteria физиологически разнообразны и могут встречаться в самых разнообразных местообитаниях: почве (в том числе почвах, загрязнённых металлами), горячих источниках, океанах, пещерах[6]. Многие представители Acidobacteria — ацидофилы, в том числе и первый описанный вид, Acidobacterium capsulatum[7]. Недавно описанные виды типа Acidobacteria: Holophaga foetida[8], Geothrix fermentans[9], Acanthopleuribacter pedis[10] и Bryobacter aggregatus[11] — чрезвычайно многочисленны в почвах, поэтому могут играть важную роль во многих экосистемах[12]. Однако большинство представителей Acidobacteria практически не поддаются культивированию, поэтому их физиология и экология изучены плохо[2]. ДНК двух неклассифицированных бактерий типа Acidobacteria были обнаружены в наборах для выделения ДНК, что могло исказить метагеномные данные и данные о составе микробиоты[13].

Филогения

На следующем филогенетическом дереве представлена филогения Acidobacteria согласно List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[14][15]. Филогенетическое дерево было построено на основе последовательностей 16S рРНК, предоставленных проектом The All-Species Living Tree Project[16].

Примечания:
♠ Штаммы, указанные в NCBI, но отсутствующие в LSPN.

Примечания
  1. Barns S. M., Cain E. C., Sommerville L., Kuske C. R. Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 2007. — May (vol. 73, no. 9). — P. 3113—3116. — doi:10.1128/AEM.02012-06. — PMID 17337544.
  2. Quaiser A., Ochsenreiter T., Lanz C., Schuster S. C., Treusch A. H., Eck J., Schleper C. Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics. (англ.) // Molecular Microbiology. — 2003. — October (vol. 50, no. 2). — P. 563—575. — PMID 14617179.
  3. Rappé M. S., Giovannoni S. J. The uncultured microbial majority. (англ.) // Annual Review Of Microbiology. — 2003. — Vol. 57. — P. 369—394. — doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. — PMID 14527284.
  4. Kishimoto Noriaki, Kosako Yoshimasa, Tano Tatsuo. Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: An acidophilic chemoorganotrophic bacterium containing menaquinone from acidic mineral environment (англ.) // Current Microbiology. — 1991. — January (vol. 22, no. 1). — P. 1—7. — ISSN 0343-8651. — doi:10.1007/BF02106205.
  5. List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published - Validation List No. 143 (англ.) // INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY. — 2012. — 1 April (vol. 62, no. Pt 4). — P. 1016—1016. — ISSN 1466-5026. — doi:10.1099/ijs.0.68147-0.
  6. Thrash J. Cameron, Coates John D. Acidobacteria phyl. nov. (англ.) // Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. — 2015. — 14 September. — P. 1—5. — ISBN 9781118960608. — doi:10.1002/9781118960608.pbm00001.
  7. Kuske C. R., Barns S. M., Busch J. D. Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid southwestern United States that are present in many geographic regions. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 1997. — September (vol. 63, no. 9). — P. 3614—3621. — PMID 9293013.
  8. Liesack W., Bak F., Kreft J. U., Stackebrandt E. Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds. (англ.) // Archives Of Microbiology. — 1994. — Vol. 162, no. 1-2. — P. 85—90. — PMID 8085918.
  9. Coates J. D., Ellis D. J., Gaw C. V., Lovley D. R. Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer. (англ.) // International Journal Of Systematic Bacteriology. — 1999. — October (vol. 49 Pt 4). — P. 1615—1622. — doi:10.1099/00207713-49-4-1615. — PMID 10555343.
  10. Fukunaga Y., Kurahashi M., Yanagi K., Yokota A., Harayama S. Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'. (англ.) // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. — 2008. — November (vol. 58, no. Pt 11). — P. 2597—2601. — doi:10.1099/ijs.0.65589-0. — PMID 18984699.
  11. Kulichevskaya I. S., Suzina N. E., Liesack W., Dedysh S. N. Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., a peat-inhabiting, aerobic chemo-organotroph from subdivision 3 of the Acidobacteria. (англ.) // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. — 2010. — February (vol. 60, no. Pt 2). — P. 301—306. — doi:10.1099/ijs.0.013250-0. — PMID 19651730.
  12. Eichorst S. A., Breznak J. A., Schmidt T. M. Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 2007. — April (vol. 73, no. 8). — P. 2708—2717. — doi:10.1128/AEM.02140-06. — PMID 17293520.
  13. Salter S. J., Cox M. J., Turek E. M., Calus S. T., Cookson W. O., Moffatt M. F., Turner P., Parkhill J., Loman N. J., Walker A. W. Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses. (англ.) // BMC Biology. — 2014. — 12 November (vol. 12). — P. 87—87. — doi:10.1186/s12915-014-0087-z. — PMID 25387460.
  14. J.P. Euzéby. Acidobacteria (недоступная ссылка). Дата обращения: 9 сентября 2016. Архивировано 27 января 2013 года.
  15. Sayers. NCBI Taxonomy Browser. National Center for Biotechnology Information. Дата обращения: 9 сентября 2016.
  16. 16S rRNA-based LTP release 123 (full tree). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Дата обращения: 9 сентября 2016.
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.