Черепашки-ниндзя II: Тайна изумрудного зелья

После победы над Шреддером черепашки-ниндзя временно проживают у Эйприл, не спеша подыскивая себе новое жилье, т.к. их старая квартира в канализации была порушена. В самом начале фильма они спасают юного разносчика пиццы Кено, случайно ставшего свидетелем ограбления магазина и попытавшегося задержать бандитов, но столкнувшегося с численным преимуществом. Спустя долгое время он встречает черепашек и Сплинтера в квартире Эйприл и узнаёт их историю.

В это время на свалке из кучи мусора выбирается Шреддер и возвращается к своим людям. После пребывания в мусоропрессовщике он оказался обезображен и теперь ставит перед кланом одну-единственную задачу: месть черепашкам.

Эйприл делает репортаж о компании TGRI, которая занимается очисткой земли от токсичных отходов. Фредди, новый оператор Эйприл, на самом деле являвшийся шпионом из клана Фут, обнаруживает на этой самой земле одуванчики, которые под воздействием тех самых токсинов разрослись до размеров небольших зонтиков. Он относит один из них Шреддеру, и тот приказывает своим воинам срочно найти этот токсин.

После просмотра репортажа Сплинтер показывает черепашкам и Эйприл разбитый контейнер, в котором содержался мутаген, сделавший их мутантами. Выясняется, что именно компания TGRI занималась разработкой данного мутагена! Черепашки срочно отправляются туда, чтобы уничтожить другие контейнеры с мутагеном. Однако клан Фут опережает их и похищает сотрудника компании — профессора Джордана Перри, который как раз занимался уничтожением мутагена и не успел избавиться лишь от последнего контейнера. Черепашки вступают в схватку с ниндзя, но те всё же уходят с добычей. Шреддер заставляет профессора Перри создать двух мутантов для борьбы с черепашками, в качестве мутантов были выбраны каймановая черепаха Токка и волк Резар. Однако профессор немного саботирует состав, и в результате получившиеся монстры оказываются с разумом годовалых детей. Шреддер поначалу приходит в ярость и требует уничтожить их, но профессор Перри указывает ему на приличную физическую силу Токки и Резара, и Шреддер решает попробовать воспитать из них воинов.

Черепашки, не желая более стеснять Эйприл, возвращаются в канализацию и находят новый дом на заброшенной станции метро. Рафаэль уходит от черепашек и решает выследить клан Фут с помощью Кено, который ранее сообщил им о наборе ребят, знающих боевые искусства, предположительно кланом Фут. Остальные черепашки и Сплинтер не одобряли этот план, но Раф и Кено не смогли удержаться. Кено лучше всех проходит испытания (с последним немного помог Раф), но затем их замечают, и Раф после недолгой схватки попадает в плен. Черепашки освобождают Рафаэля и профессора Перри, вступая в схватку с Шреддером и его мутантами. После неравного боя черепашкам удается бежать. впечатлённый профессор, прибыв с черепашками в их дом, рассказывает им, что мутаген изначально был случайным побочным эффектом от совершенно другого эксперимента, и эта новость расстраивает черепашек, видевших в своём существовании некую высшую цель.

Фредди раскрывает себя перед Эйприл и передаёт ультиматум от Шреддера: черепашки должны прийти на встречу в доки, иначе Шреддер пошлёт Токку и Резара в Центральный парк, где они погубят множество людей. Черепашки уже готовы идти, даже зная о самоубийственности миссии, но тут профессор Перри с помощью Донателло изготавливает антидот для нейтрализации действия мутагена. Однако его надо съесть для того, чтобы он работал, и поэтому черепашки пекут пончики с таблетками из этого вещества внутри. На встрече монстры успевают съесть по паре пончиков, но вскоре фокус был раскрыт. Дальнейшая битва происходит в ночном клубе, где выступает Ванилла Айс. Не без помощи подоспевшего профессора черепашки наконец нейтрализуют монстров, а затем присоединяются к веселью в клубе. Внезапно появляется Шреддер и угрожает отравить мутагеном невинную женщину. Кено, не выдержавший сидеть в убежище вдали от битвы, отбивает заложницу, а Шреддера выкидывают в окно с помощью мощного акустического удара. Однако это ещё не конец: в гневе злодей сам принимает маленькую ампулу мутагена и превращается в Супер-Шреддера. С помощью приобретённой огромной силы он пытается погубить черепашек под доками, круша их на ходу, но вместо этого погибает сам.

• Teenage Mutant Ninja Turtles II Официальный сайт фильма.