Мастер Чиф

«Столп Осени», избежав гибели на орбите Предела, вышел из пространства скольжения около неизвестной мегаструктуры в форме мира-кольца — Ореола Альфа. За самим «Столпом Осени» от Предела в погоню последовал небольшой флот ковенантов, и капитан корабля Джейкоб Кейс отдал приказ приготовиться к абордажной битве. Джону-117 было поручено задание в целости и сохранности покинуть корабль вместе с ИИ Кортаной. Высадившись на Ореоле, Джон-117 после недолгих приключений присоединился к силам людей и участвовал в ряде операций — освобождение капитана Кейса с борта вражеского крейсера «Истина и Единение», поиски «Молчаливого Картографа» и Центра Управления Ореолом. Впоследствии одним из первых узнал, что ковенанты ненароком выпустили из лабораторий мира-кольца опасную паразитическую форму жизни — Потоп (англ. Flood). Чуть позже, сотрудничая с ИИ Ореола Альфа — «343 Виноватой Искрой», Джон сумел добыть в Библиотеке Индекс — ключ к активации Ореола. Однако вмешательство Кортаны позволило Джону осознать всю угрозу, которую Ореол создавал для галактики — как сам по себе, так и паразитами Потопа. Разорвав союз с «343 Виноватой Искрой» и став его противником, Джон в конце концов сумел нейтрализовать угрозу, взорвав ядерные реакторы «Столпа Осени», тем самым разрушив мир-кольцо. Кроме Джона-117 и Кортаны, из людей выжить удалось лишь четверым: сержанту Эйвери Джонсону, лейтенанту Элиасу Хаверсону, младшему уорент-офицеру Поласки и капралу УВОД, Локлиру.

После уничтожения Ореола Альфа Джон и остальные выжившие люди объединили свои усилия, которые вскоре принесли плоды — в отчаянной попытке был захвачен флагман космических сил Ковенанта, «Восхождение Правосудия». Используя его, Джон и другие выжившие вернулись на Предел, где сумели спасти горстку выживших спартанцев, а также вице-адмирала Уиткомба и доктора Халси. Вдобавок ко всему, им удалось захватить артефакт Предтечей, который послужил путеводным маяком для «Столпа Осени», когда тот бежал с орбиты Предела от ковенантского флота. После недолгих приключений, не обошедшихся без жертв (погибли уорент-офицер Поласки, Локлир, спартанцы Ли и Антон), Джон и оставшиеся в живых спартанцы проводят диверсию и уничтожают «Непреклонный Пастырь» — космическую станцию Ковенанта, готовившую вторжение на Землю, попутно уничтожив вражескую армаду из 500 кораблей. После этого все выжившие возвращаются на Землю.

Вернувшись на Землю, Джон-117 получает в распоряжение новую версию брони Mjolnir. Во время церемонии награждения Джона, сержанта Джонсона и дочери капитана Кейса, Миранды на борту космической станции «Каир» на Землю нападает небольшой флот Ковенанта — как позже выяснилось, на Землю прибыл флот Верховного Пророка Сожаления, который не знал, что Земля — родной мир человечества. Потеряв свой флот, Пророк успевает на своём флагмане приземлиться в районе африканского города Новая Момбаса. Благодаря усилиям Джона, станцию «Каир» удаётся защитить от абордажных войск Ковенанта. После этого Джон отправляется в Новую Момбасу, где получает приказ схватить Пророка и помогает местному гарнизону сил ККОН отбить город у ковенантов. Тем временем флагман Пророка Сожаления совершает прыжок в пространство скольжения, нанеся большой урон городу. Джон-117 успевает подняться на борт человеческого судна «Одетый в Янтарь» и последовать за кораблём Пророка.

Выйдя из пространства скольжения, Джон и другие обнаруживают, что им удалось отыскать новый Ореол (Ореол Дельта). В ходе сражения с силами Ковенанта на поверхности Ореола, Джону-117 удаётся ликвидировать Пророка Сожаления. Прибывший флот Ковенанта бомбардирует плазмой остров, на котором проходило сражение. К счастью, Джон успевает скрыться, однако попадает прямо в лапы Могильного Разума, предводителя паразитов Потопа.

После недолгой беседы с Джоном и другим главным героем игры — Арбитром, Могильный Разум отпускает их и телепортирует в разные места. Джон попадает на космическую станцию-столицу Ковенанта — «Высшее Милосердие», где пытается остановить Верховного Пророка Правды. Впоследствии ему удаётся проникнуть на борт дредноута Предтечей, стоявшего в центре станции и отправиться вместе с Пророком обратно на Землю, чтобы продолжить битву.

Дальнейший сюжетный пробел между Halo 2 и Halo 3 восполняется серией комиксов Halo: Uprising. Несмотря на то, что акцент сюжета делается на другом персонаже, в комиксах описывается попытка Мастера Чифа ликвидировать Пророка Правды на борту дредноута. Потерпев в этом неудачу, главный герой прыгает на поверхность Земли прямиком с орбиты, используя кусок обшивки от дредноута.

Игра начинается с экстренной высадки Мастера Чифа на поверхность Земли. Отряду десантников ККОН во главе с сержантом Джонсоном удаётся найти и привести Джона-117 в боеспособное состояние, после чего все начинают пробираться через джунгли к спрятанной человеческой базе. В ходе путешествия Мастер Чиф узнаёт, что Ковенантам удалось оккупировать африканский континент и они проводят раскопки таинственного артефакта между руинами Новой Момбасы и горой Килиманджаро. Он также узнаёт, что в самом Ковенанте началась гражданская война, расколовшая некогда единый союз на два противоборствующих лагеря — Сепаратистов и Лоялистов. Сепаратисты, большинством которых стали Элиты во главе со вторым главным героем предыдущей игры, Арбитром, заключили с человечеством перемирие.

Вернувшись на базу, Мастер Чиф встречается с коммандером Мирандой Кейс, которая описывает ему сложившуюся ситуацию. Выйдя на связь с адмиралом Худом, Миранда составляет план по нападению на место раскопок. Конференция прерывается нападением ковенантов-Лоялистов на базу, однако Джону и другим основным персонажам игры удаётся благополучно покинуть базу до её самоуничтожения.

Далее Джон-117 участвует в осуществлении плана по нападению на место раскопок. Уничтожив зенитную артиллерию, он расчищает путь кораблям ККОН, которые безуспешно пытаются остановить дредноут Предтечей с Пророком Правды на борту. Лоялистам удаётся активировать портал и сбежать через него с Земли. Тем временем на Землю из пространства скольжения падает корабль Ковенантов, заражённый Потопом. В его обломках Джон случайно находит устройство с записанным на нём сообщением от Кортаны. Вместе с появившимся ИИ Ореола-Альфа, «343 Виноватой Искрой», Джон отправляется на флагман ковенантов-Сепаратистов, «Тень Намерения». На военном совете между людьми и Элитами последние решают следовать через портал за Пророком Правды. К ним присоединяется ударная группа ККОН под командованием коммандера Кейс. Мастер Чиф также отправляется с ними.

Пройдя через портал, флот Сепаратистов сталкивается с флотом Лоялистов на орбите огромной неизвестной мегаструктуры. Джон, Арбитр, «343 Виноватая Искра» и ещё несколько отрядов людей отправляются на поверхность искусственного мира, где находят карту мегаструктуры. Оказывается, что людям и Ковенантам удалось найти Ковчег — центр управления всеми Ореолами, расположенными в галактике. Преодолев небольшое сопротивление Лоялистов, Мастер Чиф и другие отправляются на битву с Пророком Правды.

Группе Мастера Чифа удаётся не только сломить наземное сопротивление ковенантов-Лоялистов, но и отключить один из генераторов, генерирующих поле вокруг Ядра Ковчега, в котором находится Пророк. Неожиданно для всех, из портала с Земли в небе появляется «Высшее Милосердие» — станция Ковенантов, захваченная Потопом в конце Halo 2. При падении станция разбрасывает на огромную территорию обломки с паразитами и у сражающихся сторон появляется новый противник. Несмотря на это, Джон и Арбитр успешно осуществляют задуманное — убивают Пророка Правды и останавливают активацию всех Ореолов в галактике.

Покончив с ковенантами-Лоялистами, Джон-117 узнаёт, что на Ковчеге полным ходом идёт строительство нового Ореола, строящегося на замену уничтоженному в первой игре миру-кольцу. Мастеру Чифу удаётся найти и вывезти с обломков «Высшего Милосердия» ИИ Кортану. Они принимают решение активировать недостроенный мир-кольцо, чтобы уничтожить Потоп и его предводителя — Могильного Разума. Отправившись на Ореол, Мастеру Чифу, Арбитру и сержанту Джонсону без труда удаётся найти Центр Управления Ореолом. Однако на их пути встаёт «343 Виноватая Искра», который убивает Джонсона и заявляет, что не позволит уничтожить мир-кольцо и Ковчег. Мастеру Чифу приходится уничтожить бывшего союзника и, активировав Ореол, начать отступление к человеческому кораблю на поверхности Ореола. Успешно осуществив это, Джон и Арбитр улетают с Ковчега и направляются к порталу. Однако во время перехода Ореол взорвался, нарушив работу портала. В результате Джон-117 вместе с Кортаной оказался в той части корабля, которая была выброшена в межзвёздное пространство. Игра заканчивается тем, как Мастер Чиф отправляется в камеру анабиоза и засыпает, ожидая команду спасателей.