Robert Ludlum’s The Bourne Conspiracy

• Джейсон Борн — главный протагонист игры. Бывший агент ЦРУ, потерявший память и теперь находится в бегах. Обладает повышенное реакцией, интуицией, мастерски обращается всеми видами оружия и владеет приёмами рукопашного боя.
• Александр Конклин — руководитель проекта «Тредстоун», решает убрать Джейсона Борна в связи с провалом операции по уничтожению бывшего африканского лидера Никвана Вамбози. В начале игры, а после и в воспоминаниях отдаёт приказы Борну и сопровождает его по рации. В конце игры убит Мэнхеймом.
• Никвана Вамбози — бывший африканский лидер, представляющий угрозу для ЦРУ. Именное его должен был ликвидировать Борн до своей неудачи. Его судьба раскрывается в фильме.
• Мария Елена Кройтц — обычная девушка, у которой забрали деньги и квартиру. Сначала она просто подвезла Джейсона в Париж за предложенную сумму, но после непредвиденный обстоятельств стала его постоянной спутницей. Ближе к концу игры, по просьбе Джейсона, скрывается. В конце игры Борн с ней вновь встречается.

Несмотря на то, что основной сценарий Конспирации построен на первой части борниады «Идентификация Борна», игра не просто пересказывает игроку сюжет фильма, а показывает и ранние задания Борна в виде воспоминаний протагониста, которые не были показаны ранее[9][10].

В бессознательном состоянии, тело Джейсона Борна держится на поверхности воды. Вдруг его замечает рыбацкое судно.

Борн получил задание ликвидировать африканского лидера Никвана Вамбози, представляющего угрозу для ЦРУ. Находясь в съёмной квартире, Борну звонит Конклин и сообщает, что его нашли. Вамбози собирается покинуть порт через час, а за Борном отправил киллера — некоего О’Коннора. Задание отменяется, теперь Джейсон должен скрыться, но перед уходом убрать киллера. Найдя людей О’Коннора а потом и его самого, Борн начинает преследование. Ликвидировав его, Джейсон настаивает на продолжении задания. Надев водолазный костюм, взяв оружие и нужное снаряжение, он проникает в порт, где готовится снабжения для яхты Никваны. Прорываясь сквозь наёмников, Борн встречает Соломона — правая рука Вамбози, которого Джейсон не раз будет встречать на своём пути. Для отвлечения внимания, Борн взрывает запасы пропана с бензином и проникает на катер снабжения, плывущий к яхте. Однако на катер прибывает Соломон и в неравной схватке он сбрасывает Джейсона за борт, обмотав цепью. Однако Борну удаётся освободиться и незаметно пробраться на яхту. Вырубив охранную систему, уничтожив мини субмарину, чтобы Вамбази не смог сбежать, агент пробивается на верхнюю палубу, где окончательно расправляется с Соломоном, выбросив его за борт. Подойдя вплотную к Вамбозии и собираясь завершить задание, Борн замечает, что его цель находится рядом с детьми. Не в силах убить отца на глазах у своих детей, Джейсон, ошеломлённый сложной ситуацией, собирается скрыться, однако один из охранников всаживает ему в спину две пули, и Борн падает за борт.

Тело Борна находят рыбаки и поднимают к себе на судно. Врач вытаскивает пули и капсулу с номером банковского счета в Цюрихе. После того как его подняли на ноги, он не может ничего вспомнить о себе — ни имени, ни профессии. По прибытии в порт врач рыбацкого судна даёт ему немного денег на проезд до Цюриха.

Джейсон решает переночевать в парке, однако его будят двое полицейских с просьбой показать документы. Борн моментально их оглушает и обнаруживает, что обладает высокой реакцией и эффективными приёмами рукопашного боя. Ощутив знакомые ощущения, ему приходят воспоминания о его прошлом задании.

Конклин даёт Борну новое задание — убить бывшего генерала турецкой армии, Ивана Диванделена, которого осудили за продажу оружия террористам. Евросоюз настаивает, чтобы его перевели и осудили в Гааге. ООН собирается его перевезти в Нидерланды. У Джейсона Борна 2 часа, чтобы не дать ему сесть в самолёт. Проникнув на охраняемую территорию, Борн практически подобрался к Ивану, но неожиданно появляются наёмники, которые убивают всю охрану и освобождают террориста. Джейсон вынужден преследовать Ивана, убивая по пути наёмников. Диванделен пытается скрыться на угнанном самолёте, однако Борну удаётся проникнуть на борт. Нейтрализовав остаток террористов, он вступает в драку с Иваном, в которой одерживает вверх. В драке, Диванделен, пытаясь застрелить Борна, случайно застреливает пилота. В последние секунды Джейсон выпрыгивает с парашютом, а самолёт с террористом падает и взрывается. Миссия выполнена.

Найдя в банковской ячейке большое количество денег, несколько паспортов и оружие, Джейсон Борн привлекает к себе внимание полиции. Преследование продолжается и в консульстве США, где Борн пытается найти убежище. Скрывшись от вооружённых сил и снайперов, Джейсон за большую сумму предлагает девушке по имени Мария, встреченной им возле посольства и которой там отказали в визе, подвезти его в Париж, где он, судя по документам, живёт. Во французской квартире Борн начинает рассматривать фальшивые паспорта и к нему возвращается ещё одно воспоминание.

Борн убивает из снайперской винтовки Рюрика, после чего пытается скрыться. Убив много солдат и уничтожив БТР, Борн взрывает завод для отвлечения внимания и благополучно скрывается.

В квартире Мария пытается позвонить по телефону, что выдаёт их местоположение ЦРУ. Конклин решает убрать Борна и высылает других агентов из программы «Тредстоун» для его ликвидации. Первым их застаёт Кастель. В драке, Борн ломает ему руку и пытается получить от него ответы, но не успевает — Кастель выпрыгивает из окна и разбивается. Покинув квартиру и сев в машину, Борн просит Марию уйти, поскольку с ним она будет в опасности. Сам Борн попытается найти ответы. Мария отказывает и решает остаться с ним. Вдруг их замечает полиция, начинается погоня. Оторвавшись и скрывшись в отеле, Джейсону приходит очередное воспоминание.

На этот раз, Борну необходимо убить самого крупного торговца оружием в Европе — Шарль Ренар. Он собирается провести сделку в своём музее, прикрываясь выставкой искусства. Проникнув в служебные помещения, Борн обнаруживает, что кто-то убивает охрану. Добравшись до места сделки, Джейсон узнаёт, что покупатель — Халид Азар, марокканский националист связанный с террористами. Он собирается купить у Ренара «грязную бомбу». Теперь в цель Джейсона также входит ликвидация Халида и добыча опасного боеприпаса. Неожиданно, как только Ренар показывает товар, Халид убивает его, забирает бомбу, а между наёмниками и охраной начинается перестрелка. В массовке Джейсону удаётся пробиться и добраться до Халида, который собирается улететь на вертолёте. Борн убивает пилота, вертолёт падает и взрывается. Бомба уничтожена.

Борн решает, что в городе небезопасно. Мария предлагает укрыться у её брата, который живёт за городом. В доме Джейсон говорит Марии, что больше не хочет знать, кто он, и предлагает бежать. Вдруг в их разговор вмешивается брат Марии с новостью о том, что его пёс пропал, что необычно. Дом начинает обстреливать снайпер. Им оказывается очередной агент — Профессор. Борн велит Марии и брату с детьми укрыться в подвале. Вооружившись дробовиком и укрываясь от снайперского огня, Борн загоняет Профессора в старый амбар, в котором начинается пожар от перестрелки. Предварительно расстреляв Профессора, Джейсон вступает с ним в рукопашную схватку, в которой побеждает. Борн уговаривает Марию уехать, так как находиться вместе с ним небезопасно. Используя телефон Профессора, Борн назначает встречу Конклину с условием, что он придёт один. Конклин не выполняет требования, из-за чего Борн отменяет встречу. Он узнаёт местонахождение секретной квартиры ЦРУ. Прибыв туда и встретив Конклина, Борн объявляет, что покидает «Тредстоун» и велит ему заявить о своей смерти. Прибывает спецслужба и Борн вынужден прорываться. Тем временем ЦРУ решает, что проект «Тредстоун» необходимо закрыть, и отдаёт распоряжение Манхейму (последнему агенту) убрать Конклина. За убийством наблюдает Борн и решает проследить за киллером, который укрывается в церкви. Манхейм его замечает и начинается перестрелка. Происходит взрыв газа, но Борн успевает выброситься вместе с Манхеймом из окна на кладбище, где начинается финальная схватка. Манхейм почти одолевает Борна, однако Джейсон с помощью лопаты сбрасывает его с высокой стены на пристань, где тот погибает. Прибывает полиция, находит тело Манхейма, а Борну удаётся скрыться.

Мария на деньги, которые её дал Джейсон перед уходом, купила себе дом и небольшой магазин с постоянной прибылью. Неожиданное кто-то заходит на порог и спрашивает её про магазин, сказав, что он «милый, но его сложно найти». Мария узнаёт голос и оборачивается. Незнакомцем оказывается Джейсон Борн. Пара, после долгой разлуки, обнимается.