Рибозим типа hammerhead

Рибозимы типа hammerhead — это малые саморазрезающие РНК, которые имеют консервативную последовательность и обнаружены у некоторых вироидов и ассоциированы с сателлитными РНК некоторых вирусов растений.[2]

Вторичная структура фрагмента RZ+ рибозима NC_003540.

Трехмерная структура полного рибозима типа Hammerhead, выделенный из вида Schistosoma mansoni [1]

Впервые рибозимы типа hammerhead были открыты у вириоидов растений, такие рибозимы катализировали сиквенс-специфичное разрезание фосфо-диэфирных связей в молекулах РНК благодаря специфической третичной структуре.[3][4] Вторичная структура напоминает головку молотка — англ. hammerhead.

Саморепликация

Данный рибозим способен самореплицироваться. Репликация происходит по типу катящегося колеса[5]. РНК надрезается в точке начала катящегося кольца. К освободившемуся 3'-концу этой цепи начинают пристраиваться свободные дезоксинуклеотиды. По мере удлинения дочерней цепи РНК 5'-конец из материнского кольца вытесняется. Когда 3'- и 5'-концы встретятся в одной точке, синтез РНК прекращается и дочернее кольцо отделяется от материнского.

Ссылки

Вторичная структура рибозима Hammerhead (рус.). Virtual Laboratory Wiki. — (изображения). Дата обращения: 2009-15-10. Архивировано 19 марта 2012 года.

О незначимости энергетической оценки при моделировании РНК - исследование в Викиверситете, по моделированию третичной структуры на примере рибозима типа hammerhead

Третичная структура вироидного рибозима организма Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, предсказанная с помощью ПО RNAInSpace на YouTube А.Н. Борисов, С.С. Яковлев. Применение теории игр для задачи сворачивания рибонуклеиновых кислот (рус.).

Модельная траектория сворачивания вироидного рибозима организма Chrysanthemum chlorotic mottle viroid, предсказанная с помощью ПО RNAInSpace на YouTube А.Н. Борисов, С.С. Яковлев. Применение теории игр для задачи сворачивания рибонуклеиновых кислот (рус.).

См. также

Примечания

Martick M., Scott W. G. Tertiary contacts distant from the active site prime a ribozyme for catalysis (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2006. — Vol. 126, no. 2. — P. 309—320. — doi:10.1016/j.cell.2006.06.036. — PMID 16859740.
Forster A. C., Symons R. H. Self-cleavage of plus and minus RNAs of a virusoid and a structural model for the active sites (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1987. — Vol. 49, no. 2. — P. 211—220.
Prody G. A., Bakos J. T., Buzayan J. M., Schneider I. R., Bruening G. Autolytic Processing of Dimeric Plant Virus Satellite RNA (англ.) // Science : journal. — 1986. — Vol. 231, no. 4745. — P. 1577—1580. — doi:10.1126/science.231.4745.1577.
Hutchins C. J., Rathjen P. D., Forster A. C., Symons R. H. Self-cleavage of plus and minus RNA transcripts of avocado sunblotch viroid (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 1986. — Vol. 14, no. 9. — P. 3627—3640.
Flores R, Navarro JA, de la Peña M, Navarro B, Ambrós S, Vera A. Viroids with hammerhead ribozymes: some unique structural and functional aspects with respect to other members of the group // Biol. Chem.. — 1999. — Т. 380, № 7—8. — С. 849—854.

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] Martick M., Scott W. G. Tertiary contacts distant from the active site prime a ribozyme for catalysis (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2006. — Vol. 126, no. 2. — P. 309—320. — doi:10.1016/j.cell.2006.06.036. — PMID 16859740.

[2] Forster A. C., Symons R. H. Self-cleavage of plus and minus RNAs of a virusoid and a structural model for the active sites (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1987. — Vol. 49, no. 2. — P. 211—220.

[3] Prody G. A., Bakos J. T., Buzayan J. M., Schneider I. R., Bruening G. Autolytic Processing of Dimeric Plant Virus Satellite RNA (англ.) // Science : journal. — 1986. — Vol. 231, no. 4745. — P. 1577—1580. — doi:10.1126/science.231.4745.1577.

[4] Hutchins C. J., Rathjen P. D., Forster A. C., Symons R. H. Self-cleavage of plus and minus RNA transcripts of avocado sunblotch viroid (англ.) // Nucleic Acids Res. : journal. — 1986. — Vol. 14, no. 9. — P. 3627—3640.

[5] Flores R, Navarro JA, de la Peña M, Navarro B, Ambrós S, Vera A. Viroids with hammerhead ribozymes: some unique structural and functional aspects with respect to other members of the group // Biol. Chem.. — 1999. — Т. 380, № 7—8. — С. 849—854.