Новые приключения капитана Врунгеля

Все газеты бьют тревогу — в Бермудском треугольнике, районе Атлантического океана, исчезают воздушные и морские суда с людьми. Вася решает, что разгадать эту тайну может лишь бравый капитан Христофор Бонифатьевич Врунгель, который давно уже удалился от дел и скромно работает аптекарем. Притворившись покупателем, Лопотухин подсовывает в киоск Врунгеля книгу о его былых приключениях. Также он заходит к своему другу-грузину Лому — бывшему старшему помощнику капитана, который теперь служит банщиком — и показывает ему газеты с сообщениями о Бермудском треугольнике. Разгневанный Лом приходит к Врунгелю и убеждает его, что нужно срочно снаряжать экспедицию по раскрытию тайны исчезновения в районе треугольника людей и судов. Христофор Бонифатьевич, находясь в состоянии ностальгии после прочитанной книги, не сразу, но соглашается. При этом он ставит условие — Лом должен за три дня выучить английский язык.

В день отправления капитан Врунгель произносит речь и в запале ударяет кулаком по кромке борта своей яхты «Победа», в результате чего две первых буквы отваливаются и название меняется на «Беда». Лопотухин тайком прокрадывается на корабль, чтобы тоже стать членом экспедиции. Обнаруживший его Врунгель требует объяснений, но романтичный по натуре Вася рассказывает капитану о том, что очень хочет стать моряком. Христофор Бонифатьевич решает оставить его на яхте в качестве юнги.

Внезапно об экспедиции становится известно пожилому предпринимателю и президенту иностранной корпорации «Want and Sons Company» сэру Ванту. Он обращается к своему помощнику Блоку Сайленту, требуя объяснить цель плавания «Беды». Блок запускает компьютеры, которые выдают неожиданный ответ: путешествие Врунгеля и его команды грозит разорением и гибелью для корпорации. Не желающие этого Вант и Сайлент приказывают своему человеку — агенту Свирепому Гарри — тайно устранить яхту вместе с экипажем. Гарри, получивший за это большие деньги, начинает операцию «Титаник».

Лопотухин замечает посреди воды одинокую лодку с находящимся в ней пожилым человеком. Врунгель и Лом спасают старика (а на деле — переодетого и замаскировавшегося Свирепого Гарри), который рассказывает, что он якобы является «единственным спасшимся» пассажиром столкнувшегося с айсбергом «Титаника». В это время по радио передают, что экспедиции Врунгеля пытается помешать Свирепый Гарри. Агент разбивает радио палкой, мотивируя это тем, что совсем «ослаб». Капитан и старший помощник отправляют незнакомца в каюту, чтобы он там отдохнул. Однако Вася, заподозрив неладное, разоблачает старика как Свирепого Гарри, который уже собрался взорвать яхту. Агенту приходится скрыться несолоно хлебавши.

Разъярённые сэр Вант и Сайлент приказывают Гарри продолжить преследование «Беды», которая как раз подплывает к Аравийскому полуострову, чтобы пополнить запасы пресной воды. Агент, начавший операцию «Али-Баба», переодевается в заклинателя змей, устраивает на рынке пожар и сваливает всю вину на экипаж яхты. Врунгель, Лом и Лопотухин уплывают от рассерженных торговцев, которые отправились за ними в погоню на лодке. Однако те уже догоняют их, и тогда капитан принимает решение — достать из трюма шампанское. Использовав залпы бутылок в качестве реактивного двигателя, друзья уходят от погони. Однако Гарри с берега стреляет в яхту из пушки, и корабль взрывается. Агент, уверенный, что выполнил поручение, заявляется к сэру Ванту. Тот предоставляет ему отпуск и рекомендует отправиться отдыхать в курортный африканский город Мамайка.

Однако Врунгель и Лом живы, а вот Вася и яхта бесследно исчезли. На груде оставшихся досок капитан и старший помощник доплывают до Мамайки, где их принимают сначала за сёрфингистов, а затем за артистов, которые должны дать концерт. Врунгель и Лом соглашаются на время стать музыкантами, однако на концерте их замечает Свирепый Гарри, который начинает операцию «Саксофон». Его подручный, также находящийся на концерте под видом обычного зрителя, начинает драку с другими отдыхающими, однако агент зря ликует, так как избивают и его. Вант и Сайлент отстраняют ставшего калекой Гарри от выполнения задания.

Врунгель и Лом, сидя на пляже, неожиданно видят свою «Беду» и Лопотухина. Оказывается, того выбросило на остров, который он сперва принял за необитаемый, пока не встретил аборигенов, которые помогли ему восстановить яхту, а вместо поломанного паруса поставили живую пальму. На отремонтированном корабле экипаж снова отправляется к Бермудскому треугольнику, однако совсем недалеко от него заблуждается и попадает в задымлённый мегаполис, в котором как раз находится корпорация сэра Ванта. Сайлент, узнав об этом, начинает операцию «Брусника». Он приглашает команду выпить чаю с брусничным вареньем и побеседовать. По пути в фирму он показывает им город, который производит ошеломлённое впечатление на экипаж — в нём нету ни одного живого человека, лишь роботы; всё заполонили машины, воздух загажен, а природа сплошь искусственная. Сэр Вант предлагает Врунгелю продать ему яхту за любую цену, но тот отказывается. Блок Сайлент решает, что пора пить чай, однако Лопотухин раскрывает коварные планы жуликов — чай может взорвать того, кто осмелится его выпить. Вант, понимая, что его тайна раскрыта, приказывает Сайленту и бандитам арестовать экипаж. Однако Вася не без помощи рогатки разбивает фотоэлементы, из-за чего всё здание оказывается затоплено пеной, корпорация разоряется, а сэр Вант сходит с ума.

Христофор Бонифатьевич, Лом и Лопотухин уплывают к треугольнику, чтобы окончательно закончить разгадку тайны. Пытавшийся в одиночку помешать им Свирепый Гарри чуть не погибает из-за своей злости, однако экипаж спасает его. Но «Беда» попадает в самый центр Бермудского треугольника, где начинают происходить разные катаклизмы — вода становится цветной, а экипаж неожиданно перемещается в телестудию Гурзуфа, где Лопотухин, ставший известным учёным Василием Ивановичем, даёт интервью репортёру, в котором объясняет происшествия в районе треугольника. Оказывается, корпорация сэра Ванта грабила оказавшиеся там суда и людей, а в СМИ пускала ложную информацию о якобы происходящих там исчезновениях. Теперь экипаж «Беды» отправляется разгадывать тайну Атлантиды, а Вася заслуживает уважение и любовь своей одноклассницы Кати Малаховой, которой писал во время всего путешествия и которая раньше не верила ни одному его слову.

Урок закончился, а размечтавшийся Лопотухин написал лишь одно предложение — «Море смеялось…». Катя подтрунивает над ним, на что Вася лишь улыбается.