Ascalaph Designer

Ascalaph Designer
Ascalaph Designer
	; Модель ДНК на Ascalaph Designer
Написана на	C++
Операционная система	Microsoft Windows
Лицензия	GNU GPL
Сайт	biomolecular-modeling.com/…; biomolecular-modeling.com/…

Ascalaph Designer — программа молекулярного моделирования общего назначения. Она предоставляет графическое окружение для консольных программ квантовой и классической механики Firefly, CP2K и MDynaMix[1][2], имеет возможности для конструирования молекулярных моделей, конформационной оптимизации и молекулярной динамики. Firefly/PC GAMESS[3][4][5] предоставляет широкий ряд квантовохимических методов.

Основные возможности

Построение молекулярной модели (полимеры, наноструктуры, белки, нуклеиновые кислоты)
Силовые поля AMBER/OPLS
Оптимизация конформации
Молекулярная динамика
Квантовая химия
Гибкая SPC модель воды[6]

Область применения

Нуклеиновые кислоты [7]
Белки
Моделирование липидных мембран[8]
Полиэлектролиты[9]
Ионные жидкости[10][11]
Термодинамические свойства жидкостей [12]
Разработка молекулярно-механических силовых полей[13]

Примечания

A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen. MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures (англ.) // Computer Physics Communications : journal. — 2000. — Vol. 128. — P. 565—589.
A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen. Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems // Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems (англ.). — Heidelberg: Springer Berlin, 1998. — Vol. 1541. — P. 296—303. — (Lecture Notes in Computer Science). — ISBN 978-3-540-65414-8. — doi:10.1007/BFb0095310.
Computational Chemistry, David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendix A. A.2.3 pg 334, GAMESS
M.W. Schmidt et al. General Atomic and Molecular Electronic Structure System (англ.) // J. Comput. Chem. : journal. — 1993. — Vol. 14. — P. 1347—1363. — doi:10.1002/jcc.540141112.
M. S. Gordon and M. W. Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later, in Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years, C. E. Dykstra, G. Frenking. K. S. Lim and G. E. Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
Toukan K and Rahman A. Molecular-dynamics study of atomic motions in water (англ.) // Physical Review B : journal. — 1985. — Vol. 31. — P. 2643—2648.
Y. Cheng, N. Korolev and L. Nordenskiöld. Similarities and differences in interaction of K⁺ and Na⁺ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2006. — Vol. 34. — P. 686—696.
C.-J. Högberg, A.M.Nikitin and A.P. Lyubartsev. Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer (англ.) // Journal of Computational Chemistry : journal. — 2008. — Vol. 29. — P. 2359—2369.
A. Vishnyakov and A.V. Neimark. Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study (англ.) // Journal of Chemical Physics : journal. — 2008. — Vol. 128. — P. 164902.
G. Raabe and J. Köhler. Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation (англ.) // Journal of Chemical Physics : journal. — 2008. — Vol. 128. — P. 154509.
X. Wu, Z. Liu, S. Huang and W. Wang. Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF₄] and acetonitrile by a refined force field (англ.) // Phys. Chem. Chem. Phys. : journal. — 2005. — Vol. 7. — P. 2771—2779.
T. Kuznetsova and B. Kvamme. Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system (англ.) // Phys. Chem. Chem. Phys. : journal. — 2002. — Vol. 4. — P. 937—941.
A.M. Nikitin and A.P. Lyubartsev. A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture (англ.) // J. Comp. Chem. : journal. — 2007. — Vol. 28. — P. 2020—2026.

Ссылки

Домашняя страница

This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.

[1] A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen. MDynaMix - A scalable portable parallel MD simulation package for arbitrary molecular mixtures (англ.) // Computer Physics Communications : journal. — 2000. — Vol. 128. — P. 565—589.

[2] A.P.Lyubartsev, A.Laaksonen. Parallel molecular dynamics simulations of biomolecular systems // Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems (англ.). — Heidelberg: Springer Berlin, 1998. — Vol. 1541. — P. 296—303. — (Lecture Notes in Computer Science). — ISBN 978-3-540-65414-8. — doi:10.1007/BFb0095310.

[3] Computational Chemistry, David Young, Wiley-Interscience, 2001. Appendix A. A.2.3 pg 334, GAMESS

[4] M.W. Schmidt et al. General Atomic and Molecular Electronic Structure System (англ.) // J. Comput. Chem. : journal. — 1993. — Vol. 14. — P. 1347—1363. — doi:10.1002/jcc.540141112.

[5] M. S. Gordon and M. W. Schmidt, Advances in electronic structure theory: GAMESS a decade later, in Theory and Applications of Computational Chemistry, the first 40 years, C. E. Dykstra, G. Frenking. K. S. Lim and G. E. Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.

[6] Toukan K and Rahman A. Molecular-dynamics study of atomic motions in water (англ.) // Physical Review B : journal. — 1985. — Vol. 31. — P. 2643—2648.

[7] Y. Cheng, N. Korolev and L. Nordenskiöld. Similarities and differences in interaction of K⁺ and Na⁺ with condensed ordered DNA. A molecular dynamics computer simulation study (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2006. — Vol. 34. — P. 686—696.

[8] C.-J. Högberg, A.M.Nikitin and A.P. Lyubartsev. Modification of the CHARMM force field for DMPC lipid bilayer (англ.) // Journal of Computational Chemistry : journal. — 2008. — Vol. 29. — P. 2359—2369.

[9] A. Vishnyakov and A.V. Neimark. Specifics of solvation of sulfonated polyelectrolytes in water, dimethylmethylphosphonate, and their mixture: A molecular simulation study (англ.) // Journal of Chemical Physics : journal. — 2008. — Vol. 128. — P. 164902.

[10] G. Raabe and J. Köhler. Thermodynamical and structural properties of imidazolium based ionic liquids from molecular simulation (англ.) // Journal of Chemical Physics : journal. — 2008. — Vol. 128. — P. 154509.

[11] X. Wu, Z. Liu, S. Huang and W. Wang. Molecular dynamics simulation of room-temperature ionic liquid mixture of [bmim][BF₄] and acetonitrile by a refined force field (англ.) // Phys. Chem. Chem. Phys. : journal. — 2005. — Vol. 7. — P. 2771—2779.

[12] T. Kuznetsova and B. Kvamme. Thermodynamic properties and interfacial tension of a model water–carbon dioxide system (англ.) // Phys. Chem. Chem. Phys. : journal. — 2002. — Vol. 4. — P. 937—941.

[13] A.M. Nikitin and A.P. Lyubartsev. A new six-site acetonitrile model for simulations of liquid acetonitril and its aqueous mixture (англ.) // J. Comp. Chem. : journal. — 2007. — Vol. 28. — P. 2020—2026.