Флаг Магистральнинского муниципального образования

«Прямоугольное голубое полотнище с отношением ширины к длине 2:3, несущее посередине жёлтую горизонтальную полосу в 1/6 ширины полотнища и с выступами в виде пяти железнодорожных костылей (одного большего между четырьмя меньшими), как бы пронзающих полосу сверху вниз».

Магистральный (административный центр городского поселения) — посёлок, возникший при строительстве БАМа. 2 июня 1974 года — дата рождения посёлка, день, когда на Казачинско-Ленскую землю прибыл областной комсомольский отряд строителей Байкало-Амурской Магистрали. 200 юношей и девушек 2 июня высадились на берегу таёжной речушки Окукихты, и стали первыми жителями посёлка Магистральный. Жили в палатках без каких-либо удобств, пищу готовили на кострах, разведённых на берегу реки.

Строительство железной дороги дало мощный толчок развитию посёлка. И сегодня железная дорога — одно из градообразующих предприятий поселения. Через станцию Киренга (так называется железнодорожная станция в посёлке Магистральный) день и ночь идут составы.

Всё это нашло отражение на флаге поселения. Золотой пояс, скреплённый железнодорожными костылями — аллегория Байкало-Амурской магистрали, проходящей по территории поселения. Согласно историческим хроникам 29 сентября 1984 года БАМ стал единой магистралью, когда было уложено знаменитое последнее «Золотое звено» главного хода железной дороги. Именно эта дата и считается днем рождения магистрали. Костыли в гербе поселения не только символ БАМа и окончания его строительства, но и символ населённых пунктов возникших при строительстве магистрали. Центральный большой костыль — символизирует станцию Киренга, расположенную между станциями Западного участка БАМа Иркутской области Звёздная, Ния и Улькан, Кунерма.

Костыль (в значении гвоздь) — символ единения, крепости, неразрывности, направленности действия.

Голубое полотнище — символ рек Окукихта, Берия, Киренга с трёх сторон окружающих административный центр поселения посёлок Магистральный.

Голубой цвет (лазурь) — символ возвышенных устремлений, искренности, преданности, возрождения.

Жёлтый цвет (золото) — символ высшей ценности, величия, великодушия, богатства, урожая.