Фармакофор

Фармакофо́р (от др.-греч. φάρμακον «лекарство» и φορός «несущий») — это набор пространственных и электронных признаков, необходимых для обеспечения оптимальных супрамолекулярных взаимодействий с определённой биологической мишенью, которые могут вызывать (или блокировать) её биологический ответ[1]. Модель фармакофора позволяет объяснить, за счёт чего структурно разнородные лиганды взаимодействуют с одними и теми же сайтами рецепторов.

Пример фармакофорной модели.

Под фармакофорными признаками (элементами) обычно понимаются фармакофорные центры и их взаимное расположение в пространстве, необходимые для проявления данного типа биологической активности. Типичными фармакофорными центрами при этом являются гидрофобные области, ароматические циклы, доноры и акцепторы водородной связи, анионные и катионные центры. Для более детального описания фармакофора часто используют гидрофобные и исключённые объёмы, а также допустимые интервалы пространственной ориентации векторов водородных связей и плоскостей ароматических колец.

История концепции фармакофора

Первый фармакофор был построен Монти Киром в 1967 году[2], а сам термин был им предложен в 1971[3][4]. Часто этот термин ошибочно приписывают Паулю Эрлиху, однако ни в обычно предлагаемом источнике[5], ни в других его работах данная концепция не упоминается и не используется[4].

Использование

Фармакофорный поиск широко используется при виртуальном скрининге библиотек химических соединений, особенно в ситуациях, когда строение биологической мишени неизвестно или сама мишень не определена. При фармакофорном поиске проводится поиск соответствия между описанием фармакофора и характеристиками молекул из базы данных, находящихся в допустимых конформациях.

Программное обеспечение для моделирования фармакофоров

Источники
  1. Wermuth, C. G. Glossary of terms used in medicinal chemistry : (IUPAC Recommendations 1998) : [англ.] / C. G. Wermuth, C. R. Ganellin, P. Lindberg … [et al.] // Pure and Applied Chemistry. — 1998. — Vol. 70, no. 5. — P. 1129—1143. — doi:10.1351/pac199870051129.
  2. Kier, L. B. Molecular orbital calculation of preferred conformations of acetylcholine, muscarine, and muscarone : [англ.] // Molecular Pharmacology. — 1967. — Vol. 3, no. 5. — P. 487—494. — ISSN 1521-0111. — PMID 6052710.
  3. Kier, L. B. Molecular orbital theory in drug research : [англ.]. — New York : Academic Press, 1971. — P. 164—169. — 258 p. — ISBN 0124065503.
  4. Van Drie, J. H. Monty Kier and the Origin of the Pharmacophore Concept : [англ.] // Internet Electronic Journal of Molecular Design. — 2007. — Vol. 6, no. 9. — P. 271—279. — ISSN 1538-6414.
  5. Ehrlich, P. Über den jetzigen Stand der Chemotherapie : [нем.] // Berichte der deutschen chemischen Gesellschaft. — 1909. — Bd. 42, H. 1. — S. 17—47. — doi:10.1002/cber.19090420105.

Литература
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.