Список программ для работы с филогенетическими деревьями

В этом списке собрано программное обеспечение и интернет ресурсы, предназначенные для визуализации филогенетических деревьев.

Сетевые ресурсы
Название Описание Лицензия Технология Сайт
Archaeopteryx (ранее ATV) Программа для отображения и редактирования филогенетических деревьев[1] Java
EvolView Программа для визуализации, аннотации и управления филогенетическими деревьями[2]
ETE toolkit Окружение для визуализации дерева[3] Freeware Python
Hypergeny Просмотрщик гиперболических деревьев больших филогений Java и JavaScript
InfoViz Tree Tools набор утилит, поддерживающий гиперболические, space и icicle деревья Javascript
iTOL — interactive Tree Of Life Аннотация деревьев с различными типами данных и экспортом в различные графические форматы; с поддержкой скриптов через пакетный интефейс[4]
TreeVector генерирует масштабируемые интерактивные филогенетические деревья в SVG или PNG формате[5] GPL Java
jsPhyloSVG библиотека с открытым исходным кодом для отображения расширяемых и настраиваемых деревьев[6] JavaScript
JStree библиотека для просмотра и редактирования деревьев MIT JavaScript и HTML5 canvas
OneZoom uses IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) to display phylogenetic trees which can be zoomed in on to increase detail[7] MIT
Phylodendron Различные стили деревьев, ветвей и выходных форматов. Java
PhyloExplorer a tool to facilitate assessment and management of phylogenetic tree collections. Given an input collection of rooted trees, PhyloExplorer provides facilities for obtaining statistics describing the collection, correcting invalid taxon names, extracting taxonomically relevant parts of the collection using a dedicated query language, and identifying related trees in the TreeBASE database[8]
Phyloviewer Интернет среда анализа филогеномного анализа базирующаяся на Bioinformatics Portal System. проприетарная[9] Java и GWT
PhyloWidget просмотр, редактирование и публикация филогенетических деревьев, интерфейс с базами данных[10] GPLv2 Java и JavaScript
TRED утилита для отображения и редактирования филогенетических деревьев. Деревья генерируются в SVG с использованием Raphael. Javascript клиент и Python (web2py) сервер
Treedraw Отображение филогенетических деревьев HTML5 canvas
TreeViz Просмотрщик деревьев с возможностью построения карт MIT Java
T-REX Веб сервер для изучения, анализа и отображения деревьев (иерархический, круговой и осевой виды), обнаружения горизонтального переноса генов и отображения HGT сети[11]

Программы
Название Описание Лицензия Язык программирования ОС Сайт
BayesTrees Программа предназначена для отображения, анализа и манипуляций примерами деревьев. бесплатная Mono все
BioNumerics Универсальная платформа для учёта, хранения и анализа все типов биологических данных, включая деревья и сети гипотез последовательностей данных. EULA Windows
Bio::Phylo Коллекция Perl модулей для манипуляции и отображения филогенетических деревьев, Является частью набора BioPerl[12]. perl_5 Perl все
Dendroscope Программа для просмотра больших филогенетических деревьев и сетей[13]. бесплатная все
ETE Утилита для отображения изображений филогенетических деревьев с возможностью экспорта в PNG, PDF и SVG форматах[3]. GPLv3[14] Python все
FigTree Современный просмотрщик деревьев с возможностями раскраски и сворачивания. бесплатная Java все
Geneious Полноценная программа для анализа последовательностей, филогенетики и молекулярного клонирования с современным просмотрщиком деревьев. коммерческая все
JEvTrace Просмотрщик для группировки последовательностей, филогений и структур. Выполняет интерактивное отслеживание эволюции[15] и прочий анализ[16]. условно-бесплатная Java все
MultiDendrograms Приложение для расчета и построения филогенетических деревьев[17]. открытая Java все
NJplot Интерактивный строитель деревьев с экспортом в PDF. бесплатная C все
TreeDyn Мощная программа для манипуляций с деревьями и комментирования, позволяющей включение мета-информации[18]. открытая все
TreeGraph 2 Редактор деревьев с многочисленными операциями редактирования и форматирования, включая комбинирование различных филогенетических анализов[19]. GPLv3[20] Java все
TreeView Классическая часто цитируемая[21] программа для отображения деревьев[22]. бесплатная все
UGENE Графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования. GPLv2[23] C++ все
VectorFriends Интегрированное программное обеспечение анализа последовательностей с возможностью просмотра филогенетических деревьев. коммерческая Windows

Примечания
  1. Zmasek, CM and Eddy, S. R. TV: display and manipulation of annotated phylogenetic trees (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2001. — Vol. 17, no. 4. — P. 383—384. — doi:10.1093/bioinformatics/17.4.383. — PMID 11301314.
  2. Huangkai Zhang, Shenghan Gao, Martin J. Lercher, Songnian Hu, and Wei-Hua Chen. EvolView, an online tool for visualizing, annotating and managing phylogenetic trees (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2012. — July (vol. 40, no. W1). — P. W569—W572. — doi:10.1093/nar/gks576. — PMID 22695796.
  3. Huerta-Cepas, Jaime; Dopazo, Joaquin; Gabaldon, Toni. ETE: a python Environment for Tree Exploration (англ.) // BMC Bioinformatics : journal. — 2010. — Vol. 11. — P. 24. — doi:10.1186/1471-2105-11-24. — PMID 20070885.
  4. Letunic, I and Bork, P. Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2007. — Vol. 23, no. 1. — P. 127—128. — doi:10.1093/bioinformatics/btl529. — PMID 17050570.
  5. Pethica, R. and Barker, G. and Kovacs, T. and Gough, J. TreeVector: scalable, interactive, phylogenetic trees for the web (англ.) // PLOS One : journal. — 2010. — Vol. 5. — P. e8934. — doi:10.1371/journal.pone.0008934.
  6. Smits, SA and Ouverney, C. C. jsPhyloSVG: A Javascript Library for Visualizing Interactive and Vector-Based Phylogenetic Trees on the Web (англ.) // PLOS One : journal / Poon, Art F. Y.. — 2010. — Vol. 5, no. 8. — P. e12267. — doi:10.1371/journal.pone.0012267. — PMID 20805892.
  7. Rosindell, J and Harmon, L. J. OneZoom: A Fractal Explorer for the Tree of Life (англ.) // PLoS Biology : journal. — 2012. — Vol. 10. — doi:10.1371/journal.pbio.1001406.
  8. Ranwez, V , W. H. et al. PhyloExplorer: a web server to validate, explore and query phylogenetic trees (англ.) // BioMed Central : journal. — 2009. — Vol. 9. — P. 108. — doi:10.1186/1471-2148-9-108.
  9. Phyloviewer license
  10. Jordan, EG and Piel, W. H. PhyloWidget: web-based visualizations for the tree of life (англ.) // Bioinformatics : journal. — 2008. — Vol. 24, no. 14. — P. 1641—1642. — doi:10.1093/bioinformatics/btn235. — PMID 18487241.
  11. Boc A., Diallo Alpha B., Makarenkov V. T-REX: a web server for inferring, validating and visualizing phylogenetic trees and networks (англ.) // Nucleic Acids Research : journal. — 2012. — Vol. 40 (W1), no. Web Server issue. — P. W573—W579.. — doi:10.1093/nar/gks485. — PMID 22675075.
  12. Vos Rutger A, Caravas Jason, Hartmann Klaas, Jensen Mark A, Miller Chase. BIO::Phylo-phyloinformatic analysis using perl (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2011. — Vol. 12, no. 1. — P. 63. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-12-63.
  13. Huson Daniel H, Richter Daniel C, Rausch Christian, Dezulian Tobias, Franz Markus, Rupp Regula. Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2007. — Vol. 8, no. 1. — P. 460. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-8-460.
  14. ETE is free software (GPL)
  15. Evolutionary Trace
  16. Joachimiak, Marcin P.; Cohen, Fred E. JEvTrace: refinement and variations of the evolutionary trace in Java (англ.) // BioMed Central : journal. — 2002. — Vol. 3, no. 12. — doi:10.1186/gb-2002-3-12-research0077.
  17. Fernández, Alberto; Gómez, Sergio. Solving Non-uniqueness in Agglomerative Hierarchical Clustering Using Multidendrograms (англ.) // Journal of Classification : journal. — 2008. — Vol. 25, no. 1. — P. 43—65. — doi:10.1007/s00357-008-9004-x. (недоступная ссылка)
  18. Chevenet François, Brun Christine, Bañuls Anne-Laure, Jacq Bernard, Christen Richard.  (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2006. — Vol. 7, no. 1. — P. 439. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-7-439.
  19. Stöver Ben C, Müller Kai F. TreeGraph 2: Combining and visualizing evidence from different phylogenetic analyses (англ.) // BMC Bioinformatics. — 2010. — Vol. 11, no. 1. — P. 7. — ISSN 1471-2105. — doi:10.1186/1471-2105-11-7.
  20. TreeGraph License
  21. Архивированная копия (недоступная ссылка). Дата обращения: 29 января 2015. Архивировано 14 февраля 2015 года.
  22. Page, RDM. Tree View: An application to display phylogenetic trees on personal computers (англ.) // Computer Applications in the Biosciences : journal. — 1996. — Vol. 12, no. 4. — P. 357—358. — doi:10.1093/bioinformatics/12.4.357. — PMID 8902363.
  23. Download UGENE

Ссылки
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.