Химическое программное обеспечение

Kalzium 2.4 в Edubuntu 12.04

Для работы с химическими документами в большинстве случаев невозможно использовать только текстовые или графические редакторы общего назначения. Редактирование текстов, содержащих химическую информацию, требует использования специализированных программных инструментов.

Общий подход к созданию интерфейса химических редакторов заключается в том, что химические формулы собираются по принципу конструктора из структурных элементов (ароматические кольца, символы химической связи, стрелки и т.п.). Формула и отдельные её фрагменты могут быть модифицированы (вставка необходимых символов, изменение размера или ориентации на плоскости).

Как правило, химические редакторы снабжаются комплектами заготовок сложных формул и рисунков(шаблонов), наиболее часто употребляемых в работе (аминокислоты, пептиды, углеводы, стереоизомеры, нуклеотиды, лабораторное оборудование). Многие снабжены модулями по именованию соединений в соответствии с номенклатурой.

Химические редакторы позволяют выполнять следующие функции:

• создавать на экране химические структурные формулы, схемы реакций, лабораторные установки;
• конструировать объемные молекулярные модели и выполнять манипуляции с ними (увеличение или уменьшение моделей, вращение и перемещение их и т.д.);
• рассчитывать энергетические и пространственные параметры системы (распределение электронной плотности, энергию и длину связей, валентные углы и т.п.);
• рассчитывать энергию молекулы в стационарном и возбужденных состояниях на основе классической механической модели осциллирующих атомов;
• рассчитывать другие молекулярные характеристики и вероятность пути прохождения химических реакций.

The Chemistry Development Kit — Java-библиотека для биохимической информатики, химической информатики и компьютерной химии. Служит основой многих других проектов, таких как JChemPaint, Jmol, SENECA и NMRShiftDB.[4]

• Наумов А.Р., Молчанова И.И. Основы эффективной работы с графическим редактором структурных химических формул ISIS/Draw. Практическое пособие - Кострома: КГУ им. Н. А. Некрасова, 2004. - 108 с. - ISBN 5-7591-0588-4
• Zhenjiang Li, Honggui Wan, Yuhu Shi, and Pingkai Ouyang. Personal Experience with Four Kinds of Chemical Structure Drawing Software: Review on ChemDraw, ChemWindow, ISIS/Draw, and ChemSketch. — ACD Publications, 2004.